尽管重现市场的单位自建房称其目的在于解决部分困难职工的住房问题，并有助于平抑楼价，但由于属于企业内部行为，没有适当的政策法规可依，政府相关部门也难以对其进行监管，将很容易产生诸多监管漏洞，操作过程是否能做到公平公正很难得到保证。一旦管理失当，单位自建房将成为滋生腐败的温床，成为少数人大量侵吞占有国有资产的良机。同样个人集资建房从资金筹集到资金运用的整个过程如果得不到有力的监管，也将会产生严重的后果，给集资人造成巨大的损失。也要防止有人乘机打着合作建房的幌子搞非法集资，对整个社会造成危害。近日建设部长就公开提醒警惕个人合作建房变为非法集资！
对单位自建房争议最大的是公平问题。
其一自建房的多为国有企事业单位，这些单位享有国家无偿划拨的土地，自建房即使在分配时真正起到解决困难职工的住房问题，但受益的只有本单位职工，而其他单位的中低收入职工却无法得到同等待遇，他们即便是购买经济适用房，购房成本也要大大高于单位自建房；
其二有条件自建房的很多单位非垄断行业即效益良好企业，他们的职工也大多拿着高于社会平均水平的工资和福利，又有何理由再享受低价购房？
另外，如果允许国有企事业单位自建房，是否也应鼓励民营、集体、外资等企业都来参与自建房？而他们又怎样才能得到国家无偿划拨的土