广州六榕寺的花塔有名气，六榕寺苏东坡来过，并因有六棵大榕树，为其题名六榕寺。孙中山赠字。 
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六榕寺，与光孝、华林、海幢寺并称广州佛教四大丛林。
六榕寺和寺中的花塔一样，历来为人们所称颂，加之历史地位与光孝寺齐名素有“光孝以树传，净慧（六榕寺的别称）以塔显”之称。
公元420一479年（南朝宋代）建寺，名为“广州宝庄严寺”。
公元537年(梁大同三年)，沙门昙裕法师从扶南（柬埔寨）请得佛陀舍利回广州，得到梁武帝诏许后，于宝庄严寺大殿前修建舍利塔。
此佛塔为一座四角形的六层木塔，下瘗佛舍利，木塔内外绘画着佛典图解，称“敕赐宝庄严寺舍利塔”。
公元650年（唐永徽元年），历经一百余年的风雨侵蚀，寺塔梁柱已出现破损。某日，舍利塔祥光涌现，震惊羊城百姓，信众蜂拥来观。
时广、韶都督李燧，邀集朝散大夫广州太守史某、明威将军行番禺知府折冲都尉李公等，专门到寺拜竭宝轮和尚，共商募修舍利塔事宜。经过精心组织施工，舍利塔修葺一新，再现巍峨雄姿。
公元675年（唐高宗上元二年）春，王勃离开家乡绛州龙门(今山西河津)，南赴交趾(今越南)探父(其父王福畴任交趾令已多年)，于十一月到达广州。适逢宝庄严寺开设法会，因受寺僧托请，写下三千余字碑记《广州宝庄严寺舍利塔碑》。
公元917年，南海王刘龚称帝，国号大越，定都广州，次年改国号汉(史称南汉)，年号乾亨，升广州为兴王府。
南汉历代君主虔信佛教，宝庄严寺易名长寿寺，作为刘氏宗室女修道之所，塔仍称舍利塔，每于上元、中秋佳节登塔燃烛悬灯(号曰“赛月灯”)以兆丰年。
公元971年(宋开宝四年)，南汉灭亡，长寿寺及舍利塔均毁于大火，从此湮没一百多年。
公元988（北宋端拱元年）重修该寺，并以曹溪六祖真身为原型铸铜像供奉，寺于端拱二年重修竣工，遂改名为“净慧寺”。当时寺内有古榕六棵，民间已有“六榕寺”之称，但当时只是“俗称而已、非寺名也”。
公元1086年(宋元佑元年)，净慧寺住持德超和尚发心募资重建舍利塔。与前任凤翔郡宝鸡县主簿官、南海人林修居士、本郡信士王衢等，共商重修舍利塔一事。他们依碑记“方井圆泉、参差倒景”的记载和民间所传“环列古井九”之说，寻得旧塔基址重建宝塔，当时发掘出梁代建塔所藏的佛舍利，仍旧瘗藏。
绍圣四年(公元1097年)六月三日，宝塔落成，寺僧又邀请常到寺礼佛的宋皇叔、康州（今广东德庆）刺史赵叔盎撰书《重修广州净慧寺塔记》。新塔改用砖木结，八角形，外观九层，内有暗层，实为十七层，各层内外墙壁设置佛龛供奉贤劫千佛像，故称“千佛塔”。
公元1100年（北宋元符三年），大文豪苏东坡由海南贬所北归，路经广州到该寺游玩时，应寺僧道琮之请为寺题字，他见寺内六株榕树绿荫如盖，盘根错节，气势不凡，即欣然书下“六榕”二字。
公元1358年（元至正十八年），重修舍利塔，并铸9.14米高的千佛铜柱，
柱身刻有1023尊佛像及祥云天宫宝塔图，连同塔顶的火焰宝珠、三层九霄宝盘、九层宝轮、一层双龙宝盘、八根铁链组成重达5吨的塔刹。
公元1373年（明洪武六年），寺院一半面积被辟为永丰仓，自此之后山门便改为向东，而寺院面积也日渐缩小，而六株古榕，也因寺院被割而处于寺外（原来的净慧寺规模相当宏大，占地甚广，山门朝南，“横直绵亘实逾二里”）。
公元1375年（明洪武八年），寺僧愈坚和尚等重修于元末明初期间被损塔殿，并在塔东辟建觉皇殿（此后六百年都以此殿为大殿，但该殿于“文革”时期被毁）。
公元1395年（洪武二十八年）净慧寺一度归并于西禅寺，六祖铜像也于其后被迁往西禅寺[*]。
公元1411年（明永乐九年），净慧寺重修，寺僧将苏东坡遗墨“六榕”二字，刻造一木匾悬挂于寺门之上，自此，净慧寺又称六榕寺，舍利塔称六榕塔。此后经明正统、嘉靖、万历、天启及清乾隆年间均有重修（六榕塔自清初重修之后，该塔“檐壁榱题，红绿白黄，互相辉映，旭升日落，观美如花”故又称为“花塔”）。
公元1912年（民国元年），国民政府废除僧官制度成立广东省佛教会（会址六榕寺），铁禅被推为会长。同年5月，孙中山先生辞去临时大总统职位回到广州，铁禅组织广东佛教界人士在六榕寺举行隆重的欢迎大会，支持国民革命，孙中山先生题书“自由平等博爱”贻赠六榕寺。
公元1913年（民国二年），铁禅和尚率四众弟子迎回侨龛西禅寺达数百年之久的六祖惠能铜像，并修建六祖堂以供奉。又补植榕树四株（六株古榕时存二株：一在东坡精舍后、福泉新街后侧；一在寺东旧平南王府。）、建补榕亭、筑东坡精舍、树立“曹溪法乳”牌坊，收归散置在外的太湖奇石“朵云”等。