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怎么利用DAVID做富集分析

2017-05-16 09:46阅读:
DAVID对基因做富集分析


作为一只生信狗,基于很多算法去找到一些显著基因后,接下来想去看这些基因都影响了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析了,在临近毕业这段时间,发现很多小伙伴居然忘了怎么用DAVID来做富集,当然,我也是其中一员[捂脸],所以就想说,我应该把这个具体操作记录下来,让大家以后即使忘了,看见我的这个总结也可以很快上手。
  • (1)首先进入DAVID主页(网址:https://david.ncifcrf.gov/)

怎么利用DAVID做富集分析


  • (2)选择“Functional Annotation”,利用它完成基因的功能注释和通路富集分析。(要记得选物种信息,要不然出来的结果就是该基因集合在DAVID里面所有物种的注释结果哦!)


怎么利用DAVID做富集分析
  • (3)这时,我们就可以输入我们感兴趣的基因集合,具体参数设置如下图

怎么利用DAVID做富集分析
  • (4)结果出来了。但我们具体去看哪部分的结果呢,这也是个问题!嘻嘻,所以,接着往下看吧!

怎么利用DAVID做富集分析


以上就是,我做的总结!对了,要注意的一点是,单个基因不能注释到通路哦!反正在毕设这段时间,自己做富集的时候,发现其实DAVID不是很好用,如果对于单个基因的注释,我是在UniGene和GeneFinder上去整的!看个人结果吧,如果你需要用到DAVID,我觉得我这个攻略其实挺详尽的了,希望对你们有用!
因为发现DAVID还可以做miRNA的通路富集,研究了下,在下一篇博客中再和大家一起分享吧! 分享即快乐,自己还只是生物信息入门,大家有啥问题可以继续探讨!

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