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GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换

2016-12-19 18:40阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/3829941873

方法一：r package biomaRt
1、选择一个Mart
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换
ensemble<-useMart('ensembl')
2、查看当前Mart下有什么Database
listDatasets(ensemble)
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换
3、选择一个Database
dataset<-useDataset('hsapiens_gene_ensembl',mart = ensemble)
此时dataset是S4类型的，不能用常规方法进行调用！！！
4、建立biomaRt查询
--1先查看过滤的选项，相当于MySQL中的列名，这里要选取的是ensemble_gene_id当然你可以选取多个用c()把他们合成一个向量
filter<-listFilters(ensembl)
head(filter)
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换

--2查看属性值，也是等同于MySQL中的列名，这里要选取的是hgnc_symbol为了对照来看，把ensemble_gene_id也选上
attributes<-listAttributes(ensembl)
head(attributes)
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换
--3要对应成genesymbol的ENSGid的格式整理成字符串向量就好
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换
--4进行查询，如果是第一次使用，建议不要把整个数据放进去，可以用几个数据看看你选取的mart、dataset、filter和attribute是不是合适。最后可能不能完整对应上也是正常的。
getBM(attributes = c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol'),filters='ensembl_gene_id',values = ensg[1:10],mart = ensembl)
GeneSymbol、GeneID、ensembleID转换方法总结：
缺点：此方法依赖R包，要求有一定的R语言基础。
优点：此方法可以转换多种数据格式，还能对染色体位置上的基因进行查询等其他操作，功能强大，实用性很强。个人认为运算速度还能接受。
待更新。。。




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