玄武湖的历史最早可追溯到距今2220多年前的先秦时期。玄武湖古称桑泊，原来只是一块因断层作用而形成的沼泽湿地，湖水来自钟山北麓。秦始皇灭楚后改金陵为秣陵县，玄武湖更名为秣陵湖，因汉时秣陵都尉蒋子文葬地湖畔，孙吴时孙权为避祖父孙钟名讳，遂名'蒋陵湖'。吴王孙权又引水入宫苑后湖，玄武湖才初具湖泊的形态。因为玄武湖位于燕雀湖和宫城之北，故又名'后湖'或'北湖'。
六朝时，玄武湖是封建帝王的游乐之地。刘宋元嘉初年，宋文帝对玄武湖进行了一次大规模的疏浚，挖出来的湖泥堆积在一起，成了露出水面的小岛。其中最大的为'蓬莱'，'方丈'，'瀛洲'三岛，合称'三神山'，或许这就是今天玄武湖中梁洲、环洲和樱洲的前身。传说刘宋元嘉二十五年（448年）湖中两次出现'黑龙'（很可能是现在的扬子锷），因而又改称玄武湖。宋大明三年曾在湖上设立上林苑，南岸还设立乐游苑、华林苑。齐大明年间，武帝常半夜出猎，或到钟山，或到幕府山，天亮时回宫刚刚听到鸡叫，'玄武湖中玉漏催，鸡鸣埭口绣襦回'之句源出于此，至今武庙闸附近还有鸡鸣埭的地名。历史上的玄武湖还是训练和检阅水军的中心基地。宋孝武帝时曾二次在湖上大阅水军，故又有昆明湖、练湖之称，民间却称之为饮马塘。陈宣帝太建十年，阅军湖上，桅樯林立，旌旗蔽日，鼓角震天，雄兵十万，楼舰五百，后人歌曰：'五百楼船十万兵，登高阅武阵云生。定知战艇横瓜步，应有军牙拥石城。湖上秋空丝竹支，江头潮涌鼓鼙声。'
隋唐以后，玄武湖随着都城的北移，逐渐衰落下来。宋熙宁八年（1075年），江宁府尹王安石奏准宋神宗泄湖得田，玄武湖因此而消失了二百多年，经过元大德五年（1301年）至正三年（1343年）的两次疏浚，玄武湖才重新在南京版图上出现，但面积已大大缩小，大约只有六朝时期的三分之一了。到明朝玄武湖的命运再度发生变化，明洪武十四年（1381年），朱元璋选中玄武湖作为明朝中央政府黄册的存放地，建后湖黄册库（相当于现在的中央档案馆）。玄武湖从此作为一代禁地，与外界隔绝了二百六十多年。
六朝时，玄武湖是封建帝王的游乐之地。刘宋元嘉初年，宋文帝对玄武湖进行了一次大规模的疏浚，挖出来的湖泥堆积在一起，成了露出水面的小岛。其中最大的为'蓬莱'，'方丈'，'瀛洲'三岛，合称'三神山'，或许这就是今天玄武湖中梁洲、环洲和樱洲的前身。传说刘宋元嘉二十五年（448年）湖中两次出现'黑龙'（很可能是现在的扬子锷），因而又改称玄武湖。宋大明三年曾在湖上设立上林苑，南岸还设立乐游苑、华林苑。齐大明年间，武帝常半夜出猎，或到钟山，或到幕府山，天亮时回宫刚刚听到鸡叫，'玄武湖中玉漏催，鸡鸣埭口绣襦回'之句源出于此，至今武庙闸附近还有鸡鸣埭的地名。历史上的玄武湖还是训练和检阅水军的中心基地。宋孝武帝时曾二次在湖上大阅水军，故又有昆明湖、练湖之称，民间却称之为饮马塘。陈宣帝太建十年，阅军湖上，桅樯林立，旌旗蔽日，鼓角震天，雄兵十万，楼舰五百，后人歌曰：'五百楼船十万兵，登高阅武阵云生。定知战艇横瓜步，应有军牙拥石城。湖上秋空丝竹支，江头潮涌鼓鼙声。'
隋唐以后，玄武湖随着都城的北移，逐渐衰落下来。宋熙宁八年（1075年），江宁府尹王安石奏准宋神宗泄湖得田，玄武湖因此而消失了二百多年，经过元大德五年（1301年）至正三年（1343年）的两次疏浚，玄武湖才重新在南京版图上出现，但面积已大大缩小，大约只有六朝时期的三分之一了。到明朝玄武湖的命运再度发生变化，明洪武十四年（1381年），朱元璋选中玄武湖作为明朝中央政府黄册的存放地，建后湖黄册库（相当于现在的中央档案馆）。玄武湖从此作为一代禁地，与外界隔绝了二百六十多年。