在兽医学中，环孢霉素最常见的用途是治疗犬的干眼症，推测认为犬的干眼症是一类免疫介导的泪腺疾病。通过使用环孢素治疗的2-3周内可以显著增加泪液量。局部使用1%或2%环孢素滴眼液以及0.2%环孢素眼药膏可以增加近80%干眼症犬的泪液分泌，但是在严重干眼症的病例（基础泪液值为0-2
mm/min）中，治愈率仅为60%。
泪腺功能改善的一个指标是泪液测试值至少提高5 mm，通常在治疗的第一个月内就明显改善，也有一部分病例需要治疗长达2-3个月，需要用泪液测试来体现出泪液值明显变化。
大多数犬需要每天两次持续使用环孢素才能保证产生足够多的泪液，如果一些犬经过治疗后期泪液测试值≥20 mm/min，在保证泪液量不会明显减少的情况下，可以将用药频率减少为每天一次或隔日一次。
局部使用环孢素通过使干眼症患犬瞬膜中萎缩的泪腺腺泡小叶再生而起到治疗作用。环孢素还可以增加粘液的分泌，粘蛋白产量增加也会提升干眼症的整体疗效。
已经证实局部或全身使用环孢素可以减少角膜血管生成，具体机理尚不清楚，可能环孢素对细胞因子的抑制作用，尤其是抑制白细胞介素-2。此外，局部使用环孢素还可以改善犬角膜色素沉着，67%-100%病例恢复部分至全部角膜透明度。减少角膜新生血管和色素沉着可能需要治疗数月才能体现，据报道，对于治疗后泪液量没有增加的病例，其角膜色素沉着和血管化程度也会得到改善。
对于对环孢素效果差的病例来说，可以每天使用2次0.02%他克莫司滴眼液，可以有效增加干眼症患犬的泪液量。有研究显示在基础泪液量STT很低的情况（≤2 mm/min）经过他克莫司治疗，83%患眼STT值可以增加到≥5 mm/min。对于怀疑是自体免疫介导的干眼症患病动物，可以选择局部使用他克莫司作为环孢素的补充用药，尤其是当局部使用环孢素没有明显效果时。
环孢素还可以用于治疗其他免疫介导性眼科疾病。已经证实环孢素可以有效控制犬慢性浅表角膜炎，使用0.2%环孢素眼药膏与0.1%地塞米松滴眼液一样有效。局部使用环孢素也可以治疗滤泡性瞬膜炎。对于使用糖皮质激素治疗效果不理想的病例如嗜酸性角膜结膜炎、上巩膜炎、巩膜炎和浅表点状角膜炎，可以选择环孢素替代治疗。已经开发出环孢素眼内缓释装置，来治疗眼内疾病
这种给药方式需要一定的时间才能到达有效治疗浓度，但维持的时间较长
泪腺功能改善的一个指标是泪液测试值至少提高5 mm，通常在治疗的第一个月内就明显改善，也有一部分病例需要治疗长达2-3个月，需要用泪液测试来体现出泪液值明显变化。
大多数犬需要每天两次持续使用环孢素才能保证产生足够多的泪液，如果一些犬经过治疗后期泪液测试值≥20 mm/min，在保证泪液量不会明显减少的情况下，可以将用药频率减少为每天一次或隔日一次。
局部使用环孢素通过使干眼症患犬瞬膜中萎缩的泪腺腺泡小叶再生而起到治疗作用。环孢素还可以增加粘液的分泌，粘蛋白产量增加也会提升干眼症的整体疗效。
已经证实局部或全身使用环孢素可以减少角膜血管生成，具体机理尚不清楚，可能环孢素对细胞因子的抑制作用，尤其是抑制白细胞介素-2。此外，局部使用环孢素还可以改善犬角膜色素沉着，67%-100%病例恢复部分至全部角膜透明度。减少角膜新生血管和色素沉着可能需要治疗数月才能体现，据报道，对于治疗后泪液量没有增加的病例，其角膜色素沉着和血管化程度也会得到改善。
对于对环孢素效果差的病例来说，可以每天使用2次0.02%他克莫司滴眼液，可以有效增加干眼症患犬的泪液量。有研究显示在基础泪液量STT很低的情况（≤2 mm/min）经过他克莫司治疗，83%患眼STT值可以增加到≥5 mm/min。对于怀疑是自体免疫介导的干眼症患病动物，可以选择局部使用他克莫司作为环孢素的补充用药，尤其是当局部使用环孢素没有明显效果时。
环孢素还可以用于治疗其他免疫介导性眼科疾病。已经证实环孢素可以有效控制犬慢性浅表角膜炎，使用0.2%环孢素眼药膏与0.1%地塞米松滴眼液一样有效。局部使用环孢素也可以治疗滤泡性瞬膜炎。对于使用糖皮质激素治疗效果不理想的病例如嗜酸性角膜结膜炎、上巩膜炎、巩膜炎和浅表点状角膜炎，可以选择环孢素替代治疗。已经开发出环孢素眼内缓释装置，来治疗眼内疾病
这种给药方式需要一定的时间才能到达有效治疗浓度，但维持的时间较长