在粗面内质网上合成的蛋白质主要有三类：1、分泌蛋白，即在细胞内合成后，分泌到细胞外起作用的蛋白质，如胰腺细胞分泌的酶，浆细胞分泌的抗体，内分泌腺分泌的多肽类激素等。这类蛋白质合成后经过加工，通过胞吐作用输送到细胞外。2、生物膜蛋白，包括细胞膜上的膜蛋白和内质网、高尔基体、溶酶体膜上的膜蛋白等。这些膜蛋白在内质网上合成时就已经确定了其方向性，并在以后的转运过程中能有目的地定向运输。3、细胞器中的可溶性驻留蛋白与植物液泡中的酸性水解酶类，再合成后进入内质网，能与其他细胞组分进一步区分，也有利于对他们的加工和活化。