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Q-Chem丨量子化学程序包

2019-05-24 11:08阅读:
Q-Chem丨量子化学程序包


Q-Chem是由遍及全球的多个研究机构共同开发的从头计算量子化学软件包,涉及的研究机构有35家,分布在美国、英国、德国、澳大利亚、中国和中国台湾地区等国家和地区。开始是由诺贝尔化学获得者John.A.Pople主导开发的。从1999年第一版本Q-Chem1.2发布至今,Q-Chem软件已经开发了15年,成为一个功能十分强大的量子化学计算程序。目前新的版本是Q-Chem5.4。



Q-Chem丨量子化学程序包


Q-Chem的特点:


无需购买额外的可视化软件。IQmol是Q-Chem的配套可视化软件,可以免费领取。Q-Chem也支持第三方可视化软件,如Avog
adro、WebMO、Jmol等。
无需购买额外的并行许可即可进行跨节点并行计算。程序的代码经过专门的优化,保证更快的计算速度。
支持多种方法分析势能面。如冻结带方法、从头算分子动力学、路径积分蒙特卡洛方法及偏Hessian分析。
可进行能量组成分析。如可以把能量分解成库伦项、交换项、极化项及电荷转移项。
可研究电子转移耦合及激发能。支持的方法有限制性DFT、直接耦合及分子片段电荷。
拥有独特的基态泛函。如色散校正泛函XDM、DF-04、XYGJ-OS、WB97X-2等。
快速和更加精确的MP2方法。如SOS-MP2、双基组MP2及局域MP2方法。
支持激发态研究(包括开壳层分子)。如SOS-CIS(D)、TDDFT、ADC等。
Q-Chem 提供优秀的个人技术支持服务,并会依据客户的要求开发所需的功能。


Q-Chem电子结构从头计算程序,可以对分子的基态和激发态进行第一定律计算。


功能:


基态自洽场方法


1. Hartree-Fock方法
限制性,非限制性,和限制性开壳层形式
用于结构优化的解析一阶导数
用于谐振频率分析的解析二阶导数


2. 密度泛函理论
局域泛函和梯度校正泛函。交换泛函:Slater,Becke'88,Perdew'91,Gill'96,Gillbert-Gill'99,Handy-Cohen OPTX。关联泛函:VWN5,Lee-Yang-Parr,Perdew-Zunger'81,Perdew'86,Wigner,Perdew'91。EDF1交换-关联泛函。用户定义的交换-关联泛函。
HF--DFT混合泛函:B3LYP,B3PW91,B3LYP5,用户定义的混合泛函。
局域数值格点的数值积分方案:SG-0标准网格,SG-1标准网格,Lebedev和Gauss-Legendre角向积分方案
用于结构优化的解析一阶导数
用于谐振频率分析的解析二阶道速


3. 线性标度方法
傅立叶变换库仑方法
连续快速多级方法
线性标度HF交换方法
基于格点的线性标度积分,用于交换—关联泛函求值
线性标度NMR化学位移


4. AOINT包用于双电子积分
结合了高性能积分技术的最新进展:COLD PRISM;J-矩阵引擎


SCF改进
in-core和直接SCF的最优混合
DIIS
初始猜测方案:重叠球平均原子密度,广义Wolfsberg-Helmholtz,从小基组投影,芯哈密顿量的猜测
SCF波函的稳定性分析
最大重叠方法
Fock矩阵的直接最小化
计划原子轨道对分子优化的最小基


基于波函的电子关联处理


1. M∅ller-Plesset围绕理论
限制性,非限制性,和限制性开壳层形式
直接和半直接方法计算能量
半直接方法的解析梯度,用于限制性和非限制性形式
在MP3,MP4和MP4SDQ方法的解析梯度计算中处理冻芯轨道


2. 局域MP2方法
根据物理图像截断完全MP2的能量表达式,从而减少计算量
减少计算量相对分析尺寸的标度,近似为两倍,却不明显丢失精度
应用外推PAO用于局部校正
可使用分子中的双原子和分析中的三原子技术


3. RI-MP2
比MP2和局部MP2快十倍


4. 耦合簇方法
CCSD:能量,以及作为能量有限差分的梯度
EOM-XX-CCSD;XX=EE,EA,IP,SF,能够灵活处理自由基,键的断裂,以及对称破缺问题
耦合簇能量的非迭代校正:三级校正CCSD(T),三级和四级校正CCSD(2)
广泛应用分析点群对称性,以改善效率
次双激发耦合簇
QCISD,QCISD(T)和QCISD(2)用于能量
DIIS用于收敛加速
冻芯近似,用于增加可处理体系的尺寸


5. 优化轨道的耦合簇方法
优化轨道的双激发耦合簇(OD):可避免人为的对称破缺问题;优化平均长参考轨道使能量最小;Brueckner耦合簇;OD,OD(T),和OD(2)的能量及梯度
优化价轨道的耦合簇方法(VOD):传统CASSCF方法的耦合簇近似;在价活性空间利用截断的OD波函;比CASSCT有更少的磁盘空间需求和更小的体系标度,可处理较大体系;VOD,VOD(T),VQCCD,和VOD(2)的能量及梯度。


激发态方法
1. 支持的计算类型
垂直激发吸收谱
通过激发态能量的有限差分,进行激发态的结构优化
UCIS和RCIS进行激发态的振动分析
自旋反转DFT


2. CIS方法
从Hartree-Fock基态波函计算激发态:获得定性的单电子激发态;结构与频率与基态Hartree-Fock结果有可比性
高效的直接算法用于计算闭壳层和开壳层体系的能量、解析梯度和二阶导数
XCIS用于二重和四重态计算
双激发微扰校正CIS(D),可使CIS误差减少两倍或更多,接近于MP2


3. TDDFT
从Kohn-Sham基态波函计算激发态能量
对于低位价激发态,TDDFT比CIS有相当大额改善,但只有相似的计算量
提供激发态中关联效应的内在图像
自由基的低位价激发态,比CIS有相当大的改善
自旋反转密度泛函理论(SFDFT):把TDDFT推广到低位价激发态之外;可用于键断裂的过程,以及自由基和双自由基体系


4. 基于耦合簇的激发态方法
EOM-CCSD
自旋反转激发态方法:改善了双、三自由基系统的处理;结合单行列式波函处理键断裂问题;可用于OD和CCSD理论级别
OOD方法:与CCSD激发态方法有几乎相同的数值性能;比TDDFT精度更高,到计算量更昂贵
EOM-VOOD方法:类似于EOM-CCSD,但使用VOOD方案
激发态特性计算:跃迁偶极矩和结构


5. 分解分析
显示电子跃迁的工具,用于把电子跃迁分类为价跃迁、Rydberg跃迁,混合跃迁,或电荷转换


特性分析

1. 自动结构优化和过滤态优化
使用Jon Baker博士的OPTIMIZE程序包,用约化内坐标保证迅速收敛,避免初始力常数矩阵
具有一般约束的结构优化:可施加于键角,二面(扭转)角,或平面外的弯曲;直角坐标中冻结原子;约束不一定要加在初始结构上。
优化使用笛卡尔,Z-矩阵或离域内坐标
本征矢跟踪算法,用于过渡态和小化
GDIIS算法用于小化:使到平衡结构的收敛获得很大加速
内反应坐标跟踪;沿着反应路径的连续平衡结构和过渡态


2. 振动光谱
自动调用解析和数值二阶导数
红外和拉曼强度
输出标准的统计热力学信息
同位素替换,用于与实验进行比较

非谐性校正


3. NMR屏蔽张量


4. 自然键轨道分析

使用NBO 4.0


5. Stewart原子
从分析密度重新获得原子特性
Q-Chem用单位分解方法计算这些值


6. 动量密度


7. Intracules
独特的双电子函数,提供分子中库仑能和交换能关于位置和动量的详尽信息


8. 分析中的原子
利用AIMPAC进行AIM分析


9. 溶解模型

简单的Onsager反应场模型
Langevin模型
SS(V)PE:一种新的电解质连续模型


10. 基于Dirac-Fock理论的相对论能量校正


11. 对角绝热校正
计算Born-Oppenheimer对角修正,研究核与电子运动绝热距离的分解


基组
1. 高斯基组
2. 赝势基组
3. 用户定义的基组和赝势
4. 基组重叠误差(BSSE)校正


QM/MM
1. 到CHARMM的接口
2. ONIUM


其他
Q-Chem的功能已经完全整合到Spartan程序中,在图形用户界面下计算更容易
Q-Chem 5.4的功能:
DFT-D4经验色散校正



Q-Chem丨量子化学程序包
振动和共振拉曼光谱


Q-Chem丨量子化学程序包
瞬态Kohn-Sham方程的实时传播


Q-Chem丨量子化学程序包
Auger光谱建模


Q-Chem丨量子化学程序包
用于描述表面效应的AIRBED模型


Q-Chem丨量子化学程序包
量子力学化学工具


Q-Chem丨量子化学程序包
Q-Chem 应用领域:


势能面扫描
Q-Chem 能够高度精确的给出分子在不同构型下的能量,帮助我们找到分子局部的能量极小值以获得稳定的分子结构。还可以根据分子的构象进行势能面扫描。


下图给出了采用Q-Chem计算的di-Peptoid在不同构象下的能量变化。研究者可以通过拟合分子能量和构象的关系构建势能面或分子力场。


Q-Chem丨量子化学程序包



分子间相互作用
Q-Chem采用Hartree-Fork,基于各种泛函的DFT方法和高精度的电子相关方法,多体微扰的MPn与Coupled-cluster理论来计算分子间的相互作用,并可以非常便捷的进行BSSE矫正。此外,Q-Chem还可以基于ALMO方法将分子之间的相互作用能进行分解。


Q-Chem丨量子化学程序包

Unravelling the Origin of Intermolecular Interactions Using Absolutely Localized Molecular Orbitals.J.Phys. Chem. A. (2007), 111, 8753


过渡态搜索和反应路径分析
Q-Chem 是业界公认的研究化学反应的有力工具。Q-Chem支持多种过渡态搜索的方法,并可进一步对反应路径进行分析和优化。得益于Q-Chem软件的高效率,研究者可以快速方便的研究各种化学反应相关问题。


Q-Chem丨量子化学程序包



Oxidative Dehydrogenation of Propane over a VO2-Exchanged MCM-22 Zeolite: A DFT Study. ChemPhysChem (2010) , 11, 3432




激发态和光谱计算
除了研究基态的化学性质外, Q-Chem还支持激发态结构的能量计算和优化,新版本的Q-Chem还加入了M11等新的泛函并支持EOM-CCSD方法。Q-Chem可以计算各种光谱性质,包括:IR、Raman、紫外-可见、VCD、ECD等。下面的图片就是采用Q-Chem计算的DNA氘化碱基对的红外谱。


Q-Chem丨量子化学程序包



线性标度的量化计算


Q-Chem支持多种线性标度的量子化学反应,包括:傅立叶变换库伦方法,线性标度HF交换方法,基于格点的线性标度积分等。在下图所示的工作中,研究者采用Q-Chem软件中线性标度的GIAO-HF方法完成了含有1000多个原子体系的NMR化学计算。


Q-Chem丨量子化学程序包

Ab Initio NMR Spectra for Molecular Systems with a Thousand and More Atoms: A Linear-Scaling Method. Angew. Int. (2004), 43, 4485.


QM/MM计算
Q-Chem支持ONIOM计算并自带了与分子动力学模拟软件CHARMM的程序接口。可以非常方便的进行QM/MM计算。


下图所示的研究工作采用Q-Chem和CHARMM软件考察了钙和镁离子在蛋白磷酸化酶中的作用机理。


Q-Chem丨量子化学程序包

Calcium inhibition of Ribonuclease H1 Two-Metal Ion Catalysis. J. Am. Chem. Soc. ASAP.








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