三皇殿创建于唐末，为崂山道士：“道化普济真人”李哲玄所创建。李哲玄精于园林设计，对太清宫的甬道和附属建筑布局进行了调整和修建，使之符合道家“道生一，一生二，二生三，三生万物”的哲学思想。而且根据九宫八卦的方位将三皇殿建于“开门”位置。因为在道教的九宫八卦方位中，只有“休门”、“生门”、“开门”这三门为吉门。这期间又植树、修路、建庭院、载花圃，使太清宫园林布局形成正规的寺庙园林风格，从而奠定了崂山道教庙宇园林建筑的基础。
三皇殿供奉天皇、地皇、人皇神位，即中华民族的祖先神伏羲、神农和黄帝，属于道教祖先崇拜的范畴。伏羲是中华民族的人文始祖，为三皇之首、百王之先，分阴阳、画八卦、创立了婚姻制度，教人结网渔猎；神农是农业之神、医药之神，尝百草、播五谷，教人稼穑 ；黄帝时正衣冠、订礼仪、创立文字，是中华文明的真正开始。道教有三祖，其中以黄帝为始祖，老子为道祖，张道陵为教祖。
三皇殿两侧的墙壁上，有两块圣旨碑镶嵌，为成吉思汗虎符。特别是东边一方，是元太祖成吉思汗于癸未年（