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气候
南澳县地处广东省东端的海岛，北回归线贯穿主岛，属亚热带季风气候，海洋性气候明显，盛行东北风。受台湾海峡窄管效应影响，素有 “风岛”之称。常年气温温和，光照充足，雨量相对华南地区偏少，热量丰富、霜冻很少。平均气温21.6摄氏度，平均气温最高月份7月、8月27.5摄氏度，平均最低月份1月14.2摄氏度，极端最高气温35.6摄氏度，极端最低气温2.5摄氏度。平均雨量为1448.2毫米，雨季始于3月下旬，终于10月上旬。年平均日照时数2135.7小时，平均雾11.4天，岛上≥8级大风日数73.5天，5—8月盛行西南风，9月至翌年4月盛行东北风。7—10月为热带风暴影响盛季，平均每年对南澳有影响的约5—6个。按南澳的气候特点及人们的生活习惯，南澳县四季划分；2—4月为春季；5—7月为夏季；8—10为秋季；11月至翌年1月为冬季。
水域资源
近海
南澳县近海捕捞水域（指传统的生产海域），主要为南澎列岛、勒门列岛周围和东洋、表角东、前江、后江等海区，总面积4000平方千米。
浅海滩涂水面，在主岛周围水深10米以内水域，面积约165.6平方千米，水面总面积24.85万亩。
台湾浅滩
台湾浅滩简称“台浅”，以台湾浅滩为中心，位于东经116°30′—119°00′，北纬23°30′以南到200米等深线之间，总面积4.3万平方千米。“台浅”已被开发利用的有302、303、304、314、315、316、317、332等海区，面积约1.58万平方千米。“台浅”海底地形复杂，水深在60米以内的约占85%以上，30米以内的，面积约7800平方千米。海区底质有砂砾、部分生物遗骸和自然矿物的沉积。
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植物资源
南澳县共有植物102科，约1400多种，森林覆盖率、绿化率分别达到72.9%和95.7%。
林木资源
南澳县林木：主要有台湾相思、马尾松、日本黑松、杉、竹、油茶、油桐、苦栋、大叶相思、麻栋、罗汉松、小叶桉、阔叶桉、大叶竹柏、山柳树、槐树、胶丹树、木麻黄、清金、月丹、湿地松、柠檬桉、隆檬桉、川楝、垂柳、石栗、鸭脚木、木棉等。
野生灌木：主要有蔷薇、草本、桃金娘等。
野生盆景：主要有细叶葡萄、榆树、九里香、黄杨、瑞香、竹柏、义娥、雀梅、凤尾、侧柏、楠香、七里香、山稔子、映山红等。
果树资源
南澳县栽培果树共20科、30属、43种、103个品种，其中优稀品种有深澳石榴、菠萝蜜、东山包冬梨、黄花山桔红等。
花卉
南澳的花卉品种主要有：兰花，树兰，玉兰，蟹兰，珍珠兰，莲，桂花，山茶花，菊花，海棠，茉莉，夜合，百合花，蔷薇，龙须，凤仙，剪春罗，牵牛花，杜鹃花，佛桑，紫荆，木芙蓉，金凤，山丹，蜀葵，鸡冠花，七寸金，夹竹桃，金银花，昙花，双龙吐珠。
中草药
南澳县药用植物622种，其中属省重点药用植物11种。主要品种有：漏芦、天蒜、风毛菊、白马鞍藤、灵芝、九层塔、粬茸、麦门冬、天门冬、葛、马鞍藤、紫苏、栝楼、马蹄金、获苓、苍耳子、金栖藤、金英、金钟、薄荷、菖蒲、车前草、铺地锦、猫毛草、蛇舌草、猪肝菜、蒲公英、乌点奎、灯笼草、六月霜、蛤壳草。
动物资源
鸟类
主要有鸽、鹊、斑鸠、乌鸫、翡翠、燕、鸲鹆、鹌鹑、莺、山鹦鹉、鹭、牛奴、杜鹃、雁、鸮、毛鸡、红胁绣眼鸟、白腹军舰鸟、鵳鸟、水鸭、白头翁、乌鸦、鹧鸪、水鸟、鱼鸟、海燕、雀、海鸥、苍鹰、啄木鸟等。
兽畜类
主要有猴、水獭、