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组内相关系数(Intraclasscorrelationcoefficient;ICC)

2018-05-19 02:04阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/6536186048

组内相关系数 (Intraclass correlation coefficient; ICC)

1. 使用时机: 组内相关系数是一个统计量(statistic)，用来描述同一组中的单位相互之间的相似程度。

2. 分析类型: 母数分析(parametric analysis)。

3. 范例数据: 某研究测量七组双胞胎体重(kg)，资料如下：
组别
 1
 2
 3
 4
5
 6
 7
双胞胎1
 70.4
 68.2
 77.3
 61.2
 72.3
 74.1
 71.1
双胞胎2
 71.3
 67.4
 75.2
 66.7
 74.2
 72.9
 69.5

4. 使用R计算组内相关系数:
第一步: 安装irr程序套件。
第二步: 呼叫irr程序套件备用。
library(irr)
第三步: 输入建立数据。
twin1 <- c(70.4, 68.2, 77.3, 61.2, 72.3, 74.1, 71.1)
twin2 <- c(71.3, 67.4, 75.2, 66.7, 74.2, 72.9, 69.5)
m <- matrix(rbind(twin1, twin2), nrow = 7, byrow = TRUE)
# 利用rbind函数合并twin1及twin2两组vector，再利用matrix函数将数据转成7 x 2的矩阵放到变数m中。结果如下:
[,1] [,2]
[1,] 70.4 71.3
[2,] 68.2 67.4
[3,] 77.3 75.2
[4,] 61.2 66.7
[5,] 72.3 74.2
[6,] 74.1 72.9
[7,] 71.1 69.5
第四步: 使用irr套件的icc函数代入m计算组内相关系数及p值。
icc(m, model = 'oneway', type = 'consistency', unit = 'single', r0 = 0, conf.level = 0.95)
# model = 'oneway'本例数据利用oneway的方法。
第五步: 判读计算结果。
Single Score Intraclass Correlation
Model: oneway
Type : consistency
Subjects = 7
Raters = 2
ICC(1) = 0.827 # 组内相关系数rI = 0.827
F-Test, H0: r0 = 0 ; H1: r0 > 0
F(6,7) = 10.6 , p = 0.00325
95%-Confidence Interval for ICC Population Values:
0.348 < ICC < 0.967
# 如计算结果p < 0.05，虚无假设(H0: ρI = 0)不成立。
# 如计算结果p > 0.05，虚无假设(H0: ρI = 0)成立。

来劲了吗? 想知道更多?? 补充资料(链接):
1. 关于correlation coefficient (https://en.wikipedia.org/wiki/Correlation_coefficient)
2. 组内相关系数计算公式 (https://en.wikipedia.org/wiki/Intraclass_correlation)
3. 关于R基础，R绘图及统计快速入门:
a. R Tutorial: https://www.tutorialspoint.com/r/index.htm
b. Cookbook for R: http://www.cookbook-r.com/
c. Quick-R: https://www.statmethods.net/
d. Statistical tools for high-throughput data analysis (STHDA): http://www.sthda.com/english/
e. The Handbook of Biological Statistics: http://www.biostathandbook.com/
f. An R Companion for the Handbook of Biological Statistics: http://rcompanion.org/rcompanion/index.html
4. Zar, JH. 2010. Biostatistical Analysis, Fifth Edition, Pearson.

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