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对于经常接受磁疗按摩全身经络者，能有效调节神经功能，改善大脑皮质兴奋状态，解除大脑的紧张和疲劳，改善血液循环，加速体内垃圾的排出，促进消化吸收和营养代谢，缓解肌肉痉挛，消除肌肉疲劳，促使身体完成从亚健康状态向健康状态的转变。可依次从足太阳膀胱经穴，缓慢柔和有力的滚动按摩。
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适当地磁疗刺激穴位能提高免疫功能，抑制炎症。对穴位进行长时间磁疗按摩还会增加皮质醇的副肾上腺皮质激素，皮质醇是一种具有抗炎作用的激素。
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患颈肩腰腿痛的人，血清中的内啡肽含量与全血中的5-羟色胺均低于正常人。而磁疗按摩可以让血液中的生物活性物质恢复活力，从而增加肢体酸痛者体内内啡肽与全血中的5-羟色胺的含量，改善疼痛的状况。
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在实施穴位磁疗按摩时，脑部会释放出一些类似脑啡肽功能的物质，起到镇静镇痛的作用。在非穴位的部位给予同样刺激时，则不会释放出类似物质。刺激非穴位的部位，虽然也会出现镇痛的效果，但其机制不同，而且专家认为这样做反而会降低镇痛的效果。
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进行局部磁疗按摩，可促进局部血液循环，促进韧带、关节囊的弹性，解除软组织粘连，促进软组织内水肿的吸收，以达到对受损组织的修复作用。
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足三里是磁疗按摩中常用到的穴位，刺激足三里可兴奋迷走神经，当迷走神经兴奋时，胃的“活动”也会变活跃，就能促进肠胃的功能，因此刺激足三里能提高肠胃功能。
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磁疗按摩可以抑制交感神经的兴奋而使血压降低，也可以兴奋交感神经，使血压上升。