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真如寺原名“万寿寺”，初建时在大场镇，民间俗称“大庙”。宋嘉定年间，僧永安增修改建后，名“真如院，”。元延佑七年（1320年），僧妙心移建至今址，改名“真如寺”。
真如寺是我国佛教寺院中为数不多留存下来的元代建筑。其正殿内，面宽、进深皆三间，内部构造极复杂，历代屡经修葺。大殿两侧楹联为：东为“佛日光辉崇盛世群生咸悟真如”，西为“皇风祥辑衍遐龄万姓同跻仁寿”。现存16柱为元代柏木，石柱础6座，以及梁、枋、斗拱等主体结构以及大部分构件皆为元代原物，是江南地区尤其是上海罕见的、也是最早的木质结构古建筑。1996年11月，真如寺被公布为全国重点文物保护单位。
真如寺历史上数次经历战火损毁，明洪武年间（1368-1398年）及弘治年间（1488-1505年）曾两次重修。清光绪二十年（1894年）也有扩修，另有数次小规模修缮。明清期间，陆续兴建许多偏殿楼阁，形成规模颇大的寺庙建筑群。1979年，真如寺进行维修，正殿内额枋底部仍保留“大元岁次庚申延祐七年癸未季夏月己巳二十乙日巽时鼎建”双钩阴刻墨字，为该寺建造年代的佐证。1991年后，修复大雄宝殿，同时兴建卧佛殿、方丈室、后院、内院、外院、两廊等，面积扩大到2000多平方米。
真如寺于1999年底建成“真如佛塔”，塔高51米，共9层，外形为仿宋元时期建筑的传统木结构楼阁式宝塔，造形端庄、古朴。佛塔平面为方形，除必要的受力框架由水泥浇铸外，其余全部由木料构成，全塔共用杉木、柳桉等约300立方米，堪称名副其实的木塔。