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吕巷古镇所在地区早在新石器时代，就已有人类居住。唐天宝十年（公元751年），吕巷属华亭县；清顺治十三年（1646年）属娄县；雍正四年（1726年）析娄县置金山县后，至今隶属金山。古镇东侧河岸生长着一棵古银杏树，植于明建文四年（1402年），已历经600多年的风霜雨雪，至今枝繁叶茂，已成为当地居民祈求平安的神树。
吕巷古镇原称“璜溪”，后因元代名士吕良佐居此而改名“吕巷”。吕良佐，字辅之，松江府华亭县人，好学多才，与杨维帧、陆居仁交往甚密。曾设“应奎文会”于家中，一时文士毕至，投卷甚众。元至正年间，朝廷曾以“华亭尹”之职相授。其却只愿以平民身份议事，自集乡勇保乡安民。后人为纪念其功绩将镇名改为“吕巷”。