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芙蓉湖的存在古来有之，公元前248年，楚国春申君黄歇开掘黄田港，疏浚芙蓉湖与长江连通，造福苏南。历史上芙蓉湖地处江阴月城秦王山之南、无锡长安之北，常州芙蓉镇之东，水域面积1000多平方公里，是仅次于太湖的苏南第二大湖。至北宋时，芙蓉湖仍是碧波万顷的湖泊，南北绵延百余里。至南宋，都城临安，大批军民南下江南，芙蓉湖被大面积围垦，湖区面积急剧减少。
芙蓉湖因旧时湖中荷花茂盛而得名。陆羽《惠山记》载，“惠山东北九里有尚湖，又名芙蓉湖。从山下遮百余里，满眼荷花，以为江南烟波浩渺。”杜牧曾作《芙蓉湖》赞其美景，苏轼亦作《芙蓉城》，代指江阴。明代江阴古城修筑八座城楼，被誉为“八角芙蓉城”。历代文人墨客在传承江阴历史与文脉的同时，让江阴“芙蓉城”之誉声名远播。1994年10月，江阴市将芙蓉花列为江阴市花。（芙蓉花分木芙蓉与水芙蓉，其中，水芙蓉即为荷花。）
芙蓉湖历史上持续被围垦，直至上世纪末，江阴与无锡之间仅存的芙蓉湖已完全消失，只剩余一些河流和小湖和池塘。近年来，为建设生态城市，回溯芙蓉湖历史文化，江阴市在黄山东南麓利用古芙蓉湖残存的水面，建成10平方公里（水域3.5平方公里）的芙蓉湖湿地公园，南至龙泾路，西至三塘路，北至戚月路，东至泾南路，包括大型广场、科普长廊、湖心岛、樟林大道和旱溪等。