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莲花寺在西城区菜市口西南的永庆胡同37号，不在莲花胡同。现在的莲花胡同已经基本消失，变成一条东西走向的柏油路。其实寺院应在莲花胡同，莲花胡同就是因莲花寺而得名的，只是名气不如烂缦胡同大，所以都愿意把莲花寺说成在烂缦胡同，莲花胡同倒是让人淡忘了。如今烂缦胡同也剩下南半条了。从菜市口进不去了，只能走永庆胡同。
莲花寺始建于明朝，清乾隆时重修，并隶属于善果寺的下院。后来，改为各地来京述职大吏的一个行馆。民国初年莲花寺仍有僧侣居守，当时住持僧人瑞禅上人，系善果寺僧涌泉和尚的高弟。瑞上人工绘画，喜风雅。
清末民初，莲花寺一度是当时名流雅士经常集会的重要场所，清末支持戊戌变法的诗人陈衍、清末书画家徐琪、文人王芑孙；清末民初与陈师曾、齐白石齐名的画坛主将姚华，号姚茫父，曾居住于莲花寺之中，而梨园名伶王瑶卿、梅兰芳等也常去莲花寺习画论艺。
学者画家姚华，号姚茫父，在这里住了十多年。光绪进士，后留学日本，返国为邮传部船政司主事，与陈叔通、邵仲威等创立政法学堂，又创北京京华美专，任校长。他多才多艺，早年常出入琉璃厂，与张樾臣结为至交，并开始合作，他的业绩成就得到当时国内文化界的一致公认，梁启超、鲁迅、郭沫若、郑振铎、陈师曾、陈叔通、郑天挺、马叙伦、梅兰芳等对姚华多有高度评价。
姚茫父在莲花寺居住时题诗：莲花十载一身藏，丧乱余年事事荒；自与山僧等贫贱，不关人事有兴亡。
清朝年间为了皇城内的安全，外地来京人员和汉人不允许住在内城，因此，一般人等都要住在南城，就连各省进京赶考的举人也不例外，《京师坊巷志稿》提到的“宋廷弼试京兆，居莲花寺”说的就是宋廷弼来京师考顺天府官职就暂居在莲花寺，这就形成了北京南城商业街、文化街、各地驻京会馆、名人故居等场所云集的风貌。
据东莞籍“北平民俗家”张次溪考证，莲花寺原北院为寺，南院为庵，规模较大。
莲花寺由于信善捐资不足，为了维持香火，寺院主要依靠各地来京述职、赶考人员暂住维持收入，这里逐渐成为了一处行馆。
莲花寺原有规模较大，新中国成立后再无香火，由教子胡同民族小学使用，后被变为国家单位宿舍。现在，莲花寺早已没有了原来的辉煌，一些建筑已经拆除，大门紧闭，有告示曰：正在施工，闲人免进。透门扉观看，里面静无一人，推开铁门，内无反应，侧身进入，豁然心静，古朴的一座寺院，原汁原味，虽然陈旧，但原貌保持。
莲花寺院内“树林浓郁，门径极佳”的清幽景象早已不见，仅剩一进院落，即正殿及东西两侧配殿，青砖灰瓦依旧完整，雄伟风骨犹存，建筑等级较高。现在，从格局看不像寺院，倒像一座四合院。屋内漆黑空无一物，置身院中，无人无声，追忆古人，似感凄凉，随即缓缓出院，扣紧大门，思绪久久在脑中不散……
《京师坊巷志稿》记载莲花寺时有这样的记述：莲花寺北曰七圣庙，有蕲州会馆。洪北江年谱：嘉庆四年九月二十四日，移寓莲花寺待罪，与知交相别。案：亮吉是时以上书成亲王及其座师，进呈后下狱严讯，谪戍伊犁。王芑（q）孙《渊雅堂集》莲花寺读书图记：予外弟宋廷弼试京兆，居莲花寺，去余居数十武，步屧相过从，甚乐也。王苏试《畯堂集》上元移居莲花寺湾有作。这里提到的洪北江（洪亮吉）、王芑孙、宋廷弼和王苏试等均是清代名人，他们都和莲花寺有着不解的渊源。
现在莲花寺早已没有了原来的辉煌，2009年6月28日宣武区撤销，转为西城区文物保护单位，莲花寺周围正在拆迁改造，这里就成了民工们的宿舍，他们说：莲花寺将要进行修复。但是始终没有见到“文保碑”。