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应天书院历史上又称睢阳学舍、睢阳书院、应天府书院、南京书院、南都书院、南京国子监等。其前身最早为五代后晋（936-947）时杨悫所创办的睢阳（学舍）书院。当时，社会动荡、庠序失教，睢阳学舍应运而生。景德二年（1005年），宋真宗因太祖赵匡胤尊号为“应天广运仁圣文武至德皇帝”，将宋朝龙兴之地宋州（今商丘）升州为府，称“应天府”。大中祥符二年（1009年），升应天书院为府学，赐额“应天府书院”，成为官学，史称“州郡置学始于此”。大中祥符七年（1014年），应天府（今商丘）升格为南京，成为宋朝陪都，应天府书院亦改称为“南京书院”。庆历三年（1043年），书院改升为“南京国子监”，成为北宋最高学府之一，同时也成为中国古代书院中唯一升级为国子监的书院。
古时商丘濒临汴水，交通便利，商旅辐辏，隋唐以来，已发展成为一方都会。应天书院有别于北宋书院多设于山林胜地，而设立于繁华闹市之中，唯人才辈出。天圣四年（1026年），随着晏殊、范仲淹等人的加入，应天书院发展为北宋最具影响力的书院。范仲淹主持应天书院之时，以“九河我吞，百谷我尊”、“浮云我决，良玉我切”的博大胸怀，继承书院初创时“天下同文”之志，倡导学生“以天下为己任”，为北宋培养大批人才，史载“宋人以文学有声于场屋者，多其所教也”。元代赵孟瞓《义学记》载：“宋初时天下有四大书院，应天书院为首。”
应天书院的基本课程设置是儒家经典《诗》、《书》、《礼》、《易》、《乐》和《春秋》，强调“夫善国者，莫先育才，育才之方，莫先劝学，劝学之要，莫尚宗经。”