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灵严寺在门头沟区清水镇乡齐家庄村，距市区107公里。灵严寺始建于唐武德年间（618-626），距今已有近1400年的历史。元至正年间（1341-1368）重建，明成化二十二年(1486)、嘉靖六年(1527)重修。寺内存有明成化二十二年《重修灵严寺碑记》和嘉靖六年(1527)《重修灵严寺碑记》。
灵严寺坐北朝南，占地七亩，原有山门殿、钟鼓楼、厨库、太子殿、伽蓝祖师堂、大雄宝殿、佛殿、天王殿以及东西两厢有孔孟殿和鼓乐房等配殿。殿堂抗日战争期间被日军焚毁。今仅存大雄宝殿，面阔三间，建筑面积118.5平方米。建于石基上，殿内梁架基本是元代遗物，殿内采用减柱造，檐下斗拱代替木硕大有力，脊檩施用叉手，柱头有卷刹，整体体现了元代建筑工艺手法，大殿是北京地区罕见的元代木结构殿堂建筑。
天王殿硬山顶，面阔三间10.3米，进深二间8.15米。东西配殿，硬山，卷棚頂。面阔二间8.35米，进深一间5.3米。东西耳房各三间。
天王殿东侧有钟楼一座，钟楼内原有铁钟一口。高1.25米，口径0.85，重760斤，为明正德时期铸，现已无。现寺仅存佛殿一座。
佛殿硬山大脊，砖雕莲花，正吻，筒瓦板合瓦，排山沟滴，滴水坐中，博缝。外檐斗拱为斗口跳，檐下施苏式彩绘。佛殿面阔三间12.6米，进深三间10.6米。
寺内原有三通碑：一为《重修灵严寺碑》，明成化二十二年立。汉白玉质，无首，莲花束腰座，楷书碑文14行，碑高0.45米，宽0.15米，厚0.9米。二为《舆地碑》，明确寺庙范围，并有“塔院一所”字样。明嘉靖六年立。汉白玉质，碑残高1.2米，宽0.76米，厚0.18米。三为菊室道人和庵记。这些残碑和龟石已埋入地下。
灵严寺正殿是全寺的主体建筑，飞檐斗拱，五色彩绘清晰可见。此殿供奉如来佛祖，上中下八仙，二十八星宿及各路神仙依次排列。殿中有四根盘龙大柱，房梁之上各色彩绘将天宮之事表现得淋漓尽致。殿侧有四位站殿将军，中间有一名值日僧。此寺灵验，享誉于世。因此香火愈加兴盛。殿门外的两侧有麒麟守卫，地基前沿有汉白玉栏杆，雄伟壮观。
东配殿供奉关云长，面如枣色，留有长髯，不怒而威，半蹲半坐，手扶膝盖，若有所思。上香的人总要到关老爷前面求一支签，以卜吉凶。
西配殿供奉的是太子。眉清目秀，衣着华丽，帝王风范。身边有红白二马，四蹄腾空，有飞天之意。蹄均以铁钉钉住，传说此马常夜里外出啃食庄稼，被村民追至寺内，于是住持将马蹄钉住，使它不能隨意外出。
东西配殿的南山墙之间，有道三孔圈门洞的隔断墙，把灵严寺分为南北两院。中孔门洞比两侧门洞大，里外各有一尊像，坐北朝南，笑迎香客。东孔门北靠东配殿，立建寺碑。西孔门北靠西配殿，有灵严寺舆地碑记，记载四至。
南院为方丈和尚活动场所。分别与东西配严并列为东、西禅房。南端与正殿面对的是天王殿。殿北侧有赑屃驮石碑。天王殿三间，中间一间南北设门，是香客上香的通道。东西两间有怒目圆瞪，威风凛凛四大天王。出天王殿东西各有钟楼。整个寺院有院墙圈围，正南方设有山门。
据传，凡是到灵山朝拜的僧侣过客，都要先到灵严寺祭拜。因此，灵严寺香火鼎盛，游人如织。应运而生的店铺作坊也生意红火。
灵严寺兴建于唐武德年间（618-626），正是唐王李渊一统天下的时候，灵严寺就建在从苇子梁隘口翻过山区进入北京首站的平原村落齐家庄村，前方正对金代陵墓所在的房山山脉，其后又背依高山，是一夫当关的险隘之处，也是从西进入北京平原的咽喉之地，必与其在军事上特殊的地理位置相联系。
值得称奇的是，大殿前古槐树屹立不倒，而后山阳面山坡上郁郁葱葱生长着十数棵常青树，在荒芜的山脊上显得分外醒目。在左右后侧的远山上各有一棵平头青松，在山脉分界岭上，分列两侧，形成了灵严寺虎踞龙盘的现状，充分证明了灵严寺的人杰地灵。
灵严寺约三里的山后，有一处宏业洞，洞口向南，距地面数十米的高坡上，整座山包象弥勒佛，洞口恰似弥勒佛的肚脐。上坡只有一条弯曲小径，盘曲陡峭，仅供一人攀爬。站在宏业洞前，底下的平原一览无遗，是统兵守隘的好处所。
宏业洞是一处佛教洞天，左侧原有石块垒成的僧人居所。大洞里面三个洞口互相联接，中间的洞口为主路。相传洞内原有菩萨造像，是一处以天然石洞为寺的佛教圣迹。目前佛洞已被废弃，有石块砌的墙封闭洞口。但是有人对着黑暗的主洞口用闪光灯拍摄，发现洞内有蓝色玄光反射，更有一张照片仿佛映衬出正面石壁上有一只站立状的兽身菩萨，浑身发出清幽之光。
宏业洞左前方山脊上，有棵平头青松突兀而立，仿佛告诉我们村落中的灵严寺与在村后山上的宏业洞冥冥中有着不可割裂的关系，在这样一个深山中的偏远小村，两处佛迹必然有所联系，但究竟当时在灵严寺的僧人是否也主持着宏业洞的佛事不得而知，也许在那幽深的洞里埋藏着更多的秘密。
1985年，灵岩寺被门头沟区政府列为第二批文物保护单位。1995年被北京市政府列为第五批文物保护单位。1997年，对寺佛进行了大规模维修，安装了避雷针，院中的古槐也砌了树盘加以保护，恢复了元代悬山式屋顶。