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慧聚寺建于南梁天监十年（公元511年），吴兴沙门慧向（梁武帝萧衍之师）为该寺之开山。初建时，有大殿、小殿。梁武帝赐铁香炉、丝绣佛像，又赐田二顷、山一座、木千枝，号称“南朝四百八十寺”之首。至唐武宗会昌间，诏毁天下佛宇，慧聚寺亦遭其难。
华藏寺旧名“教院”、“般若”，原建于山下，为“慧聚寺”之“子院”，香火旺盛。北宋宣和间，由信法师将其改建为“十方贤者讲寺”，并易名为 “华藏讲寺”。明洪武十三年（公元1380年），重建于玉山之巅，山顶有一“凌霄塔”同在。
华藏寺现存建筑重建于1997年8月，地处马鞍山之南、马鞍山路之北、亭林公园西大门之东，建筑面积3000平方米。2001年10月竣工，2004年6月举行开光庆典。寺院楼宇俱宋代建筑风貌，巍巍壮观，屋顶为金黄色的琉璃瓦，有天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿等，规模宏大。