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蔡元培祖籍诸暨，明隆庆、万历年间迁居山阴（今绍兴），其祖父嘉谟公于清道光年间在“笔飞弄”购置房产，“初有大厅三楹”，后因子女众多，又在屋后加盖五楼五底，自祖父三代以下同住。元培之父宝煜因是长子，除分得一楼一底外，另分得一骑楼。1868年1月11日，蔡元培就诞生于此，座楼东次间即为其书房兼卧室，其28岁进京任翰林院编修前、以及在绍郡中西学堂任职和历次返乡时均居于此。1949年前，故居由蔡氏后裔及外姓居民居住。1987年，为纪念蔡元培诞辰100周年，绍兴市对第一、二进住户进行劝迁，由文管处实施，按原样修复，建成蔡元培纪念馆。
蔡元培故居地处越城区笔飞弄，占地1856平方米，建筑面积1080平方米，主要建筑包括门厅、大厅、座楼，均为砖木结构，花格门窗，乌瓦粉墙，青石板地。故居主体建筑共三进，分布不在同一轴线上。第一进门厅坐西朝东，上悬刘海粟手书“蔡元培故居”匾额；第二进坐北朝南，一堂两厅已辟为陈列室，堂厅正中置蔡元培半身塑像，左壁悬有毛泽东撰、沙孟海书的“学界泰斗，人世楷模”巨联；右壁有周恩来撰、沈定庵书的“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由”的对联。后进为坐楼，五楼五底，蔡元培就出生在此处，并度过了童年和青少年时代。
蔡元培故居大厅前厢房、大厅及两边间、座楼前西厢房及座楼西边间均辟为“蔡元培生平史迹陈列室”，通过大量的图片、照片、实物、手迹、资料等，分“会稽山鉴水育英才”“从事民主革命，投身教育事业”“兼容并包，孕育新北大”“致力于科学事业，争取民主自由”“功垂百世，德耀千秋”五个部分，系统地展现蔡元培毕生为发展中国的教育、文化、科学事业，争取民主自由，培植青年英才而作出的重要贡献。故居《复原陈列》再现蔡家当年的生活、学习场景，包括祭祀、欢庆、喜丧及接待重要客人的场景布置。
蔡元培，字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人。清光绪进士，中国近代著名哲学家、教育家。民国六年（1917