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巴拿马湾长约300千米，宽约160千米，其北岸是中美洲巴拿马地峡，南接太平洋，沿湾除东岸的萨波山直通海岸外，其余均为平原海岸。海湾的中东部多岛屿，较大的有雷伊岛、圣何塞岛和珍珠群岛。其中，珍珠群岛是巴拿马重要的渔港。
巴拿马湾沿岸及巴拿马运河南口附近分布着一些重要城镇和军事要地。湾顶的巴拿马城扼巴拿马运河南口，是巴拿马首都。巴拿马运河口附近的“克莱顿堡”曾是美军南方总部陆军司令部所在地；“阿马多堡”曾是美军南方总部海军司令部所在地；“巴尔博亚”、“罗得曼”曾是巴拿马海军基地；“霍华德”和“阿尔布鲁克”曾是空军基地。
“三联岛（Cal de Amador）”是巴拿马湾由三个通过填海相连的小岛组成的旅游地，其通过阿马多尔堤道（（Amador Causeway））连接诺斯岛（Naso）、佩里科岛（Perico）和弗拉门戈岛（Flamenco），阿马多尔堤道也被誉为“巴拿马城最美道路之一”。该岛湾游艇云集，餐饮丰富，并开设有免税店可以购物。岛上设有延伸至海面的观景台，是欣赏太平洋日落的绝佳地点，也可以远眺巴拿马城的都市胜景。