巴林统治时期（1783-1860）
卡塔尔历史悠久的国旗是纯红色的，与哈瓦利吉派领导人卡塔尔·伊本·富贾（Qatari ibn al-Fuja'a）传统上使用的红色旗帜相呼应。
在19世纪哈里发部落统治着由巴林岛直到北部卡塔尔半岛的西部，尽管当时卡塔尔处在合法的从属国地位，但由于沿东海岸多哈和沃克拉的渔村中，反对巴林人统治的呼声日渐高涨，终于，在1867年，哈里发成功地将大量海军登陆沃克拉并对起义者开展。然而巴林人的进攻违反了1820年签订的英巴条约，英国以保护国身份立即启动了外交回应，施加政治压力，责难巴林违反条约，英国由刘易斯·佩利上校代表与卡塔尔代表进行磋商，默许卡塔尔从巴林独立。为了与刘易斯·佩利上校进行磋商，卡塔尔人选出了德高望重的多哈本土人士萨尼·本·穆罕默德。
奥斯曼统治时期（1860-1916）
谢赫·穆罕默德·本·萨尼正式采用了一面带有图案的紫红色和白色旗帜，这与其现代衍生品非常相似。奥斯曼帝国于1871年开始向东部阿拉伯扩张。在哈萨绿洲建立据点之后，他们开始向卡塔尔进发。在来自奥斯曼帝国总督的压力之下，统治卡塔尔的萨尼王室最终于1871年向奥斯曼帝国屈服。