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1925年3月，中国民主革命的先驱孙中山先生在北京逝世，遵照他生前的愿望，在南京东郊钟山主峰南麓建造了肃穆、宏伟的陵寝。为了保存许多国家政府和民间团体向中山陵园所赠送的名贵花草、树木，1929年在中山陵西侧、明孝陵附近划地建立了'国父孙中山先生纪念植物园'。
1949年10月，新中国成立后，曾遭受日本帝国主义侵华战争炮火摧残的中山植物园得到恢复和发展。不但成为纪念孙中山先生的著名风景名胜，而且成为国内植物研究的重要基地之一。在植物学研究方面，在1934年7月中央研究院建立的动植物研究所的基础上，经过合理调整，于1950年10月调集以植物分类学家裴鉴为首的一批科研人员在南京建立中国科学院植物分类研究所华东工作站，1954年2月中央人民政府又决定，将工作站迁到南京东郊与孙中山先生纪念植物园进行合并、扩建，正式命名为'中国科学院南京中山植物园'。该园背倚钟山，面临前湖，占地186公顷（合2800余亩）。为了使植物研究的方向任务有应有的体现和发展，1960年6月又更名为中国科学院南京植物研究所，并保留中山植物园名称和功能。此后一直保存了所、园一体的建制，使植物研究和植物园建设互为依托、相得益彰。