中山舰博物馆是免费参观的国防教育示范基地，迟浩田将军书写的馆名镶嵌在入口玻璃幕墙上。进入馆内，右边是“从这里，航向深蓝”展览，左边通往“舰体复原陈列区”，后边是安全出口，也可以由此到金鸡湖南岸游览。
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面对着入口大门是博物馆直通圆柱形的主体展示，背景墙上书有“苦难辉煌•舰证强军”八个大字，背景墙前展示有舷号为“16”与“17”的两艘航母模型。背景墙背面是半圆柱形的“舰魂铸碑”雕塑，时间定格在1938年10月24日。
博物馆一层南区是“从这里，航向深蓝”为主题的舟山与人民海军特展，集中展现了在中国共产党的领导下，驻舟山海军在战火硝烟中砥砺前行，从黄水驶向深蓝的光辉历程。
展览围绕“海疆悲歌”、“东海集结”、“怒海闪电”、“砺舰远洋”、“航向深蓝”五个单元，讲述了中国海军如何在中国共产党的领导下，从无到有、从弱到强、从近海防御到远海巡弋，一步步成长为一支与中国大国形象相称的强大海上力量。
战舰永远向前，复兴任重道远！“舟山”既是中国海军史的重要组成部分，也是中国共产党领导下中华民族走向伟大复兴之路的一段缩影。