从讲堂后门出来又是一个楼阁院落，三层仿南宋的御书楼是书院最高的一栋建筑。康熙二十五年，奉旨颁发了御书“学达性天”匾额及御纂日讲经义及经史诸书给岳麓书院，匾额悬于讲堂，御赐十三经、二十一史等书十六种，则建御书楼藏之。
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处于书院末端的御书楼院落古朴典雅，四周有连廊，前端还有两汪鱼池，两侧是汲泉亭与擬兰亭。
紧临御书楼的院落有“六君子堂”，供奉有朱洞、李允则、周式、刘珙、陈钢、杨茂元等对书院建设有重大贡献的先贤牌位。“崇道祠”内有“朱张会讲”塑像：公元1167年，理学家朱熹不远千里，来到岳麓书院，与张栻讲学论道两月有余，留下了千古佳话——“朱张会讲”。
儒家思想是古代中国的统治思想，因此祭祀孔子及其门下贤哲是必不可少的。所以书院还有濂溪祠、四箴亭、船山祠等祭祀建筑。
御书楼南面的院落是座江南园林，造景手法以小见大、步移景异，亭台楼阁、池塘小桥体现园林的细腻精美。