“清算”是零余额账户的“灵魂”。清算，一般意义上是指在某些银行业务中，银行代垫“头寸”后，真正的收付款人来和银行结清该笔业务的款项。
改革前：财政实行“以拨代支”，将资金实拨到预算单位基本存款账户，银行先收后支，结余资金沉淀在预算单位账户，形成“顺向资金流”，账户余额通常不为零；改革后：财政不再向预算单位账户实拨资金，单位的预算资金保留在国库中，在具体办理支付业务时，银行先垫款支付，再通过国库单一账户清算回等额资金（其形式类似信用卡），形成“逆向资金流”，结余资金沉淀在国库，从而使预算单位账户余额为零，形成“零余额账户”。
实行“零余额账户”管理的意义： 一是实现了财政资金的集中统一管理。清算按照实际发生的支付金额等额进行，各预算单位结存的财政资金都集中在国库单一账户中，由财政部门统一实施管理，有效减少了违规挤占挪用财政资金的现象。
二是有利于进一步提高财政资金使用效益。对原来分散在各预算单位账户的零星资金集中后，规模更大了，财政部门可以更好地进行理财规划和保值增值，使财政资金产生更大效益。
三是可有效缓解政府收支矛盾和压力。充裕的库款为财政部门调度资金提供了更好的保障，为政府发展经济、进行重大投资和解决突发事件等提供了更有力的资金保证。
四是对资金的监督管理更加方便快捷有效。资金的拨付环节得以减少，资金拨付效率进一步提高。