《赛德克·巴莱》是一部命运多舛的电影，影片也被剪辑为五、六个不同的版本分别放映，而在大陆公映的这个版本，系由魏德圣导演亲自操刀剪辑，两个半小时多的时长，已经集合了《赛德克·巴莱》的精华，审查时也只在台词上做了两处微不足道的改动，并不伤害剧情，因而导演对这个版本也十分认可。
《赛德克·巴莱》讲的是台湾现代史上影响深远的雾社事件，长期以来，这一事件被作为“原住民反抗日本殖民统治”的代表，在主流历史叙述中反复提及。不过魏德圣并没有把雾社事件简单化、脸谱化，而是尽可能复杂的还原了历史的多元脸孔。当然，历史研究本身就是个“无底洞”，要让所有人在所有的细节上满意，绝对是不可能的任务——那也不是电影该承担的责任。
日本残酷的殖民统治是激起雾社事件的主要原因，那些被称为“草地皇帝”的殖民警察对原住民动辄打骂、侮辱、诱奸，而且殖民者疯狂掠夺资源，砍伐原住民奉若神灵的大树，从生理、心理上都严重侵犯了原住民的权利。不过，《赛德克·巴莱》也没有刻意扭曲日本人形象，片中也有与原住民友善的日本警察，有的还跟原住民女子通婚，而日本殖民者想用现代文明来“开化”赛德克族人的努力，在片中也有展现。同时，影片也直面了原住民内部的“血海深仇”，某些村社甚至加入日本军警队伍，参与围剿抗日的村社（历史上同族相残的“第二次雾社事件”亦是异常血腥）；此外，雾社事件中原住民屠戮日本妇女儿童，影片也没有回避（大陆版有所删减）。