PyMOL用法（教程四）
2010-09-02 15:06阅读：
关于label
在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。
label的命令格式如下：
Pymol> label [selection, [expression]]
selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi,
chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：
Pymol> label selection, 'user-defined expression'
在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的binding
pocket标注出来：
首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmp
Pymol> extract upg, chain b
Pymol> extract pro, chain a
Pymol> delete tmp
Pymol> select near, pro within 4.5 of upg
Pymol> hide all
Pymol> show sticks, upg
Pymol> show lines, near
Pymol> label near, ('%s/%s') % (resn, resi)
#('%s/%s'):
设定显示格式。
上面的图看起来
有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。
在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：
投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）:
Pymol> set label_shadow_mode, 3
文字颜色：
Pymol> set label_color, color-name, selection
标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：
Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]
字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的：
Pymol> set label_font_id, 5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是Å：
Pymol> set label_size, -0.5
Pymol> set label_size, 4
设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：
Pymol> set label_position, (x,y,z)
最后说说怎样
用单个字母标注氨基酸。
首先在$HOME/.pymolrc中加入：
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q',
\
'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y',
\
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A',
\
'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}
# end modification
用法，用single[resn]代替resn：
Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn]
下面是改进过的图片：
是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：
Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain
Pymol> set_color grey1, [224,224,224]
Pymol> set cartoon_color, grey1
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> label n. CB and near, ('%s%s') % (single[resn],
resi)
Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set label_font_id, 13
Pymol> set label_size, 26
Pymol> bg_color white
Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离
Pymol> set dash_length, 0.015
Pymol> set dash_radius, 0.015
Pymol> set dash_gap, 0.6
Pymol> set dash_color, grey
在pymol中导入电子密度图
假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就可以用fft(Fast
Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中导入。
fft的命令格式如下：
fft HKLIN protein.mtz XYZIN protein.pdb MAPOUT 2fofc.ccp4
回车后进入fft环境，还需要指定一些参数：
LABIN F1=FWT PHI=PHWT
GRID SAMPLE 5
END
上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是3，表示生成的“网格”大小是最大分辨率的三分之一，以此类推。
回车之后电子密度图就搞定了，名字叫2fofc.ccp4
然后就可以在pymol中导入了。首先导入pdb文件glucosyltransferase.pdb，然后电子密度图：
首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb, pro
Pymol> load 2fofc.ccp4
你会发现，还看不见density。打开Wizard --
Density，怎么样，看见了吧。按住ctrl键和鼠标右键可以移动density，或者点击Density Map
Wizard中的'Next Res.'和'Previous Res.'。
不过显示全部的density
map并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。
Pymol> remove resn HOH
Pymol> select upg, chain b
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> as stick, upg
Pymol> orient, upg
Pymol> isomesh upg-d, 2fofc, 2.0, upg, carve=1.5
Pymol> set stick_radius, 0.2
Pymol> set mesh_radius, 0.01
#让电子密度图的网格细一点，好看
效果图如下：
上诉命令中，其余设置请见上一节label，和显示电子密度相关的就是isomesh了，它的用法如下：
Pymol> isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state
[,carve ]]]]
- name: 给这个mesh isosurface随便起个名字。
- map: 就是刚才load的那个2fofc。
- level: 轮廓值，越大轮廓越细。
- selection: 要表达的对象
- buffer: 没用过
- state: 没用过
- carve: 以selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的density
OK!搞定。
