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有关医疗纠纷调解经验，创建了具有中国特色的医疗纠纷第三方调解机制理论，并在北京市委、市政府和原北京市卫生局及北京卫生法学会领导的大力支持下，组织有关专家团队建立了全国第一家医疗纠纷调解机构-北京卫生法学会医疗纠纷调解中心，并为之付出了大量血汗。除此之外，张云林同志在担任北京卫生法学会常务副会长、北京卫生法学会医疗纠纷调解中心主任、全国医疗服务标准委员会委员、全国卫生技术资格考试专家委员会委员、中国卫生法学会常务理事和天津明正司法鉴定中心主任等职期间，还积极从事医疗卫生领域的社会科学研究工作。曾应北京市政府之召，负责《医疗风险社会承担机制》课题，并起草《关于北京市实施医疗责任保险的意见》和《北京市医疗责任保险项目集中招标文件》等。应原卫生部之召，负责《卫生标准体系建设法律法规研究》课题,撰写了《公共危机与中国公共卫生应急法律体系的构建》,并在第
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届世界法律大会上发表,得到与会专家的高度评价。应全国人大常委会之召，参与起草和审改《中华人民共和国职业病防治法释义》、《医疗事故处理条例释义》等。参加了《医疗卫生公共关系》、《卫生法》、《医患纠纷》的编著，已编入《中国公共关系大词典》、《中国保健金典》等著作。还参加了国外病人权益保障研究课题并发表《国外病人权益保障研究报告》、《医疗事故技术鉴定与新司法鉴定及其关系》等论文。