Categorized | 生物信息学
Tags | GenBank, NCBI, 下载序列, 生物信息软件如何在NCBI批量下载GenBank序列
GenBank的序列很多，有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法，如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方，欢迎指正。
批量下载前须知
批量下载前，我们必须先清楚，下载大量的数据，对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的，所以你要清楚，尽量不要使用多线程的工具下载，因为你的IP有可能给封；不要太频繁的大批量下载，中间要有间隔（即使是几秒）；
1，用NCBI提供的FTP下载
NCBI的FTP地址是：ftp.ncbi.nih.gov。打开后里面有个genbank的目录，里面存放的是所有GenBank的序列和Accession的索引。对里面的格式不明白？没关系，先看看说明文档：ftp.ncbi.nih.gov/genbank/README.genbank
如果要下载现在的Blast库，打开blast目录。
如果要下载基因组序列，进入genomes目录。
全部的目录：
ncftp / > ls
1000genomes/
Tags | GenBank, NCBI, 下载序列, 生物信息软件如何在NCBI批量下载GenBank序列
GenBank的序列很多，有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法，如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方，欢迎指正。
批量下载前须知
批量下载前，我们必须先清楚，下载大量的数据，对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的，所以你要清楚，尽量不要使用多线程的工具下载，因为你的IP有可能给封；不要太频繁的大批量下载，中间要有间隔（即使是几秒）；
1，用NCBI提供的FTP下载
NCBI的FTP地址是：ftp.ncbi.nih.gov。打开后里面有个genbank的目录，里面存放的是所有GenBank的序列和Accession的索引。对里面的格式不明白？没关系，先看看说明文档：ftp.ncbi.nih.gov/genbank/README.genbank
如果要下载现在的Blast库，打开blast目录。
如果要下载基因组序列，进入genomes目录。
全部的目录：
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1000genomes/