虽然地理位置独特，但没有避风港的功能，所以少有水产品加工、仓储、冷藏等相关行业。因此，东澳一级渔港在升级扩容时，将在渔港外侧修建一条1000米长的防波堤，和现有另一侧500米长的防波堤一起，将渔港围住，留出渔船航道通行。建成后，渔港将具有良好的避风功能。扩容后，年渔货卸港量将达8万吨以上，可满足1000艘以上大中小型渔船停泊、避风和补给。渔用岸线长1000米以上，渔港区域内渔货装卸、水产品加工冷藏、后勤补给、集散贸易、修船供油等功能区完备。
据初步规划，中心渔港总用地面积7平方公里，主要建设国家级中心渔港、两岸水产品观光市场、海产品加工、海鲜一条街及台湾农产品交易中心等。而周边的水产品工业园将依托国家级中心渔港，发展水产品加工、冷冻和商品自由贸易，包括水产品交易、包装、广告、休闲旅游观光、仓储物流、商贸服务、会展展览、金融商贸、运输物流、文化娱乐、电子信息等相关下游产业。项目区初步功能定位为：一基地，即水产品加工冷冻基地；一中心，即水产品交易中心；一市场，即海峡两岸产品（商品）交易市场。