1．专业高效原则
职能部门的设置必须贯彻专业高效的原则。要保证基本核心职能部门的稳固，要规范部门设置流程，根据工作的难易度、职能范围的大小以及工作特点合理设置部门。医院可根据发展战略和现实需要，在恰当的时间合理地整改、调整或增减职能部门，但总体的大原则应该保持相对稳定，即要根据职能、职责及便利等原则来整合部门；在设置职能部门时切忌因人设岗，应以专业化分工、提高工作效率为总原则。各职能部门应该结构清晰、分工合理、职责权限明确，以保证工作的规范化、系统化。
2．目标一致原则
组织进行职能部门的设定，均是为服务共同的目标，即维护和发展组织的权益。目标的明确是保证管理、提高效能的前提，也是团结和鼓舞全体人员同心协力完成预定目标的动力。医院领导要正确地设定发展目标，每个职能部门也要牢牢把握主旨，才能科学地组织人、财、物去实施、去完成。以使个人的职责与组织目标协调一致，才能达到效果最优化。目标一致原则要求从整体上，从整个系统来综合考虑，权衡利弊得失，要服从大局，具有目的性、全面性和有效性。整合程度愈高，目标成果就愈大，反之亦然。为此，职能部门设置需要考虑如何有利于组织目标的实现。
3．责权利一致原则
责任是运用权力过程中所产生的一种义务。在设定职能部门的责任范围时，应明确界定所赋予的权力，所承担的职责，以及应享有的权利。由此，各职能部门才能根据自己的职责范围，充分发挥拥有的权力，加强部门事务的管辖，落实职责。以制度作为保障，而非人治，达到责权利的统一。
4．分工协作原则
职能部门的划分是遵循职责职能的差异，但在一个大的系统中，每个版块都是缺一不可的，必然存在相互协助的工作。尤其是医院，是牵一发而动全身的组织，每个科室间的沟通都是不可或缺的。各职能部门在工作过程中，即要明确各部门的职责，保持自己的客观独立性，也要充分协调沟通，加强部门间的协作，既分也合，高效快捷完成各项工作。
5．科学管理原则
医院整体机构设置是遵循层层负责、分级管理、上下配合、左右协调的思路，要科学合理的管理各职能部门。
要坚持一个上级原则。杜绝多头指挥，避免指令重复或冲突。一个人只能对一个上级负责，以避免管理混乱、重复劳作、推诿扯皮等情况。这也有助于上下级之间的沟通和交流。
层级管理原则。下一层级必须服从上一
职能部门的设置必须贯彻专业高效的原则。要保证基本核心职能部门的稳固，要规范部门设置流程，根据工作的难易度、职能范围的大小以及工作特点合理设置部门。医院可根据发展战略和现实需要，在恰当的时间合理地整改、调整或增减职能部门，但总体的大原则应该保持相对稳定，即要根据职能、职责及便利等原则来整合部门；在设置职能部门时切忌因人设岗，应以专业化分工、提高工作效率为总原则。各职能部门应该结构清晰、分工合理、职责权限明确，以保证工作的规范化、系统化。
2．目标一致原则
组织进行职能部门的设定，均是为服务共同的目标，即维护和发展组织的权益。目标的明确是保证管理、提高效能的前提，也是团结和鼓舞全体人员同心协力完成预定目标的动力。医院领导要正确地设定发展目标，每个职能部门也要牢牢把握主旨，才能科学地组织人、财、物去实施、去完成。以使个人的职责与组织目标协调一致，才能达到效果最优化。目标一致原则要求从整体上，从整个系统来综合考虑，权衡利弊得失，要服从大局，具有目的性、全面性和有效性。整合程度愈高，目标成果就愈大，反之亦然。为此，职能部门设置需要考虑如何有利于组织目标的实现。
3．责权利一致原则
责任是运用权力过程中所产生的一种义务。在设定职能部门的责任范围时，应明确界定所赋予的权力，所承担的职责，以及应享有的权利。由此，各职能部门才能根据自己的职责范围，充分发挥拥有的权力，加强部门事务的管辖，落实职责。以制度作为保障，而非人治，达到责权利的统一。
4．分工协作原则
职能部门的划分是遵循职责职能的差异，但在一个大的系统中，每个版块都是缺一不可的，必然存在相互协助的工作。尤其是医院，是牵一发而动全身的组织，每个科室间的沟通都是不可或缺的。各职能部门在工作过程中，即要明确各部门的职责，保持自己的客观独立性，也要充分协调沟通，加强部门间的协作，既分也合，高效快捷完成各项工作。
5．科学管理原则
医院整体机构设置是遵循层层负责、分级管理、上下配合、左右协调的思路，要科学合理的管理各职能部门。
要坚持一个上级原则。杜绝多头指挥，避免指令重复或冲突。一个人只能对一个上级负责，以避免管理混乱、重复劳作、推诿扯皮等情况。这也有助于上下级之间的沟通和交流。
层级管理原则。下一层级必须服从上一