《密使》讲述的是1937年，日军悍然发动全面侵华战争，孪生兄弟于明阳、于明辉毅然退学，满怀热情地考取了南京中央陆军军官学校，以报效祖国。明阳潜心学习，成绩优异；而明辉性情刚烈，终于在一次剧烈冲突中失手将教官打成重伤，逃出军校，在苏北参加了中共苏北游击队。于明阳从军校毕业后，因成绩突出被国防部报送到美国西点军校继续深造。
转眼十多年过去了，中日鏖战已变成国共逐鹿。于明辉在地下党的帮助下潜入基地，面见哥哥。于明阳断然拒绝了弟弟的策反，双方发生火并，在激战中张发运开枪杀害了于明阳。于明辉为完成上级交给的任务，毅然扮成了哥哥。于明辉用自己的大智大勇渡过了一道道难关，就在渐入佳境之际，于明阳的未婚妻邱曼丽随美国顾问团来到中国。于明辉顿时陷入极度的紧张和惶恐之中……在有的观众看来，《密使》的故事剧情也实在太离奇了。历史上还真的发生过类似的事情。《合肥晚报》有篇回忆文章，讲述一个几乎完全真实的故事，其主角也是两兄弟，弟弟是许世友麾下的敢死队队长，专杀汉奸、日酋；哥哥是国民党这边的，后来从美国学成归来，嫂子也跟着哥哥从美国回来了，然后发生了非常曲折的故事。”