借古鉴今，《大明劫》以写实的风格再现历史之旧貌，目的不言而喻。瘟疫不可怕，可怕的是某些人已病入膏肓，难以痊愈。
故事有两条线索，一条就是孙传庭的解围开封之备战，另一条就是中医吴又可研治瘟疫。在如此乱世，明朝已经糜烂至极。大旱、瘟疫和内外困扰，民不聊生，孙传庭再有三头六臂也难以匡扶摇摇欲坠的大明朝。更何况刚愎自用的孙传庭戾气冲天，唯有顶风上岗，誓死献身。而吴又可拒绝孙传庭军医的命令，回归苏州老家，完成《瘟疫论》的著作，为后人奉献了杰出的医著。吴又可拒绝孙传庭的随医，其已经看破明朝久病难痊愈的重症，故偷逃走人，这并不是说吴又可没有舍身报国的正义之躯，而是完成《瘟疫论》比报效大明朝更有积极的意义。