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第一道屏墙，左右设两道门，分别额题“中兴宗衮”，“左海伟人”；屏墙背面是虎门硝烟的巨幅浮雕。
第二道是牌楼式高墙，额题“林文忠公祠”。
仪门为悬顶三开间，中设六扇朱漆大门，檐柱上挂着中国当代军事家郭化若撰写的楹联：“焚毒中云霄，正气壮山河之色；挥旗抗敌寇，义征夺魑魅之心。”辞句豪迈，运笔洒脱。仪门厅前环建回廊。
仪门厅后有御碑亭，内树三座石碑，一是《圣旨》，上刻咸丰皇帝取消道光皇帝对林则徐因禁烟而得罪英国人所给予的处分，并为他晋加太子太傅官衔；二是《御赐祭文》；三是《御制碑文》，这是他入葬时，咸丰皇帝派员致祭时御赐的。这三方石碑均在建祠时请徐郙、陈宝琛、郑孝胥等3人书写后镌刻石上的。
祠厅坐落在碑亭北侧，门额上有“树德堂”3字。
厅正中祀林则徐塑像，楣额上挂道光帝御书“福寿”匾额，两字中间还有四行小字：“愿卿福寿日增，永为国家宣力”。祠厅中还有一块御赐金字匾额，上题“功资柱石”4个大字。
祠厅西侧，碑亭之后，有两座三间排平屋，南北相对，中隔一堵花墙，分别为南花厅和北花厅。花厅的庭院中有一口鱼池，池中有假山、喷泉。厅内陈列着林则徐书写的对联、信扎、文稿、诗集、日记等，还有他使用的印章、砚台及鸦片战争时期珍贵文物。花厅的西面有一曲尺形楼房，原为林氏子弟读书之处，现辟为陈列馆。