同源建模方法预测蛋白结构一般包含以下四步：1、模板选择；2、目标序列模板序列比对；3、构建模型；4、评价。
不断重复如上步骤直到找到一个令人满意的模型。SWISS-MODEL开发了几套不同的建模技术。SWISS-MODEL的预测方法可以被描述为以α－螺旋和β－折叠为基础的'刚性片段组装'。
1、模板选择
SWISS-MODEL服务器模板数据库ExPDB是由PDB中提取的：PDB文件被分成确定蛋白链和不确定蛋白链，去掉不确定蛋白链（理论模型或仅提供α-碳坐标的质量较差的数据文件）。SWISS-MODEL吸收了额外的有用信息，如可能的四级结构信息，明确的标志信息（经验力场能、ANOLEA平均势能得分）。对于某一目标序列，SWISS-MODEL搜索模板数据库ExPDB选择合适的模板。如果对某一目标序列找不到合适的模板，但可以找到几个模板序列，经过拼凑后覆盖目标序列，SWISS-MODEL的建模过程就分成几个部分，分别进行批处理。
2、比对
使用重复最小的方块算法，每个批处理最多能接受五个模板结构。去除不匹配模板（即那些与第一个模板相比有高α-碳均方差偏离的模板），产生结构比对。目标序列与模板序列进行局部两两序列比对，然后经过一次经验步骤改进比对。插入和缺失位置的选择由模板整体结构来决定，即比对产生的孤立的残基被移动到临近的无规则卷曲结构。
3、建模
多个模板结构主干原子的位置经过平均形成预测模型的核心。首先去除那些显著偏离原子的位置，然后某一模板的重要性由它与目标序列的相似度来决定。模板坐标不被用于比对中的插入或缺失区域。对于插入或缺失区域，片段的整体与相邻的主干的协调用“空间约束程序”（Constraint
不断重复如上步骤直到找到一个令人满意的模型。SWISS-MODEL开发了几套不同的建模技术。SWISS-MODEL的预测方法可以被描述为以α－螺旋和β－折叠为基础的'刚性片段组装'。
1、模板选择
SWISS-MODEL服务器模板数据库ExPDB是由PDB中提取的：PDB文件被分成确定蛋白链和不确定蛋白链，去掉不确定蛋白链（理论模型或仅提供α-碳坐标的质量较差的数据文件）。SWISS-MODEL吸收了额外的有用信息，如可能的四级结构信息，明确的标志信息（经验力场能、ANOLEA平均势能得分）。对于某一目标序列，SWISS-MODEL搜索模板数据库ExPDB选择合适的模板。如果对某一目标序列找不到合适的模板，但可以找到几个模板序列，经过拼凑后覆盖目标序列，SWISS-MODEL的建模过程就分成几个部分，分别进行批处理。
2、比对
使用重复最小的方块算法，每个批处理最多能接受五个模板结构。去除不匹配模板（即那些与第一个模板相比有高α-碳均方差偏离的模板），产生结构比对。目标序列与模板序列进行局部两两序列比对，然后经过一次经验步骤改进比对。插入和缺失位置的选择由模板整体结构来决定，即比对产生的孤立的残基被移动到临近的无规则卷曲结构。
3、建模
多个模板结构主干原子的位置经过平均形成预测模型的核心。首先去除那些显著偏离原子的位置，然后某一模板的重要性由它与目标序列的相似度来决定。模板坐标不被用于比对中的插入或缺失区域。对于插入或缺失区域，片段的整体与相邻的主干的协调用“空间约束程序”（Constraint