使用内坐标
Z-矩阵中的每一行给出分子中每一原子的内坐标。最常用的Z-矩阵格式语法如下：元素标号，原子1，键长，原子2，键角，原子3，二面角[，格式代码]
虽然例子中使用逗号分隔开一行内的项，但是各项之间可用任何一种有效的间隔符号加以分隔。元素标号是由原子的化学符号或原子序数表示的字符串。如果使用化学符号，则可在其后接一数字，表示该原子在分子内的识别编号。经常在元素名后接二级识别整数，例如C1，C2，等等。
原子1，原子
新浪博客
元素标号，原子1，键长，原子2，键角，原子3，二面角[，格式代码]
虽然例子中使用逗号分隔开一行内的项，但是各项之间可用任何一种有效的间隔符号加以分隔。元素标号是由原子的化学符号或原子序数表示的字符串。如果使用化学符号，则可在其后接一数字，表示该原子在分子内的识别编号。经常在元素名后接二级识别整数，例如C1，C2，等等。
原子1，原子
2，原子3是在前面定义的原子符号，用于定义当前原子的位置。也可以使用其它原子在分子说明部分出现的行号表示变量值，其中电荷和自旋多重度的行是第0行。
当前原子的位置由三个量定义：到原子1的键长，由该键长和原子1，原子2之间键长形成的角度，由原子1，原子2，原子3构成的平面和由当前原子，原子1，原子2构成的平面间的二面角。注意键角范围必须是0裹/SPAN>＜键角＜180裹/SPAN>。二面角可以用任何值。
可选的格式代码参数定义Z-矩阵输入的格式，在这里使用的格式，代码总是0。这个代码仅用于当普通的Z-矩阵说明数据之后接附加参数时，例如ONIOM计算。
以过氧化氢分子为例。该体系的Z-矩阵为：
Z-矩阵第一行简单定义氢原子。下一行列出氧原子，并指定它到氢原子的核间距是0.9埃。第三行定义下一个氧原子，其中O-O键长1.4埃（从原子2，也即另一个氧原子），O-O-H键角（使用原子2和1）为105裹/SPAN>。第四行也就是最后一行需要给出三个内坐标。它定义另一个氢到第二个氧的键长为0.9埃，H-O-O键角105裹/SPAN>，以及H-O-O-H二面角120裹/SPAN>。
也可以用变量定义Z-矩阵中的某些或者所有值。下面是前一个Z-矩阵的另一个版本：
分子的对称性限制表现在内坐标上。两个H-O键长以及两个H-O-O键角由同一个变量定义。当这样的Z-矩阵用于内坐标几何优化时(Opt=Z-matrix)，将会优化这些变量值确定最低能量的分子结构。当进行全部优化计算(FOpt)时，这些变量必需是线性无关的，并且包含了分子的所有自由度。在进行部分几何优化计算时(POpt)，必需在另一部分（常标明为Constants:）指定保持数值固定的变量，只对第一部分的变量进行优化计算：
当前原子的位置由三个量定义：到原子1的键长，由该键长和原子1，原子2之间键长形成的角度，由原子1，原子2，原子3构成的平面和由当前原子，原子1，原子2构成的平面间的二面角。注意键角范围必须是0裹/SPAN>＜键角＜180裹/SPAN>。二面角可以用任何值。
可选的格式代码参数定义Z-矩阵输入的格式，在这里使用的格式，代码总是0。这个代码仅用于当普通的Z-矩阵说明数据之后接附加参数时，例如ONIOM计算。
以过氧化氢分子为例。该体系的Z-矩阵为：
| H O 1 0.9 O 2 1.4 1 105.0 H 3 0.9 2 105.0 1 120.0 |
Z-矩阵第一行简单定义氢原子。下一行列出氧原子，并指定它到氢原子的核间距是0.9埃。第三行定义下一个氧原子，其中O-O键长1.4埃（从原子2，也即另一个氧原子），O-O-H键角（使用原子2和1）为105裹/SPAN>。第四行也就是最后一行需要给出三个内坐标。它定义另一个氢到第二个氧的键长为0.9埃，H-O-O键角105裹/SPAN>，以及H-O-O-H二面角120裹/SPAN>。
也可以用变量定义Z-矩阵中的某些或者所有值。下面是前一个Z-矩阵的另一个版本：
| H O 1 R1 O 2 R2 1 A H 3 R1 2 A 1 D R1 0.9 R2 1.4 A 105.0 D 120.0 |
分子的对称性限制表现在内坐标上。两个H-O键长以及两个H-O-O键角由同一个变量定义。当这样的Z-矩阵用于内坐标几何优化时(Opt=Z-matrix)，将会优化这些变量值确定最低能量的分子结构。当进行全部优化计算(FOpt)时，这些变量必需是线性无关的，并且包含了分子的所有自由度。在进行部分几何优化计算时(POpt)，必需在另一部分（常标明为Constants:）指定保持数值固定的变量，只对第一部分的变量进行优化计算：
R1 0.9 R2 1.4 A 105.0 D 120.0 |