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番茄基因组测序计划:国际茄科植物计划的基础!

2007-07-08 20:51阅读:
番茄基因组测序计划:国际茄科植物计划的基础! 番茄基因组测序计划:国际茄科植物计划的基础!

国际茄科植物计划成立于2003年10月,该组织致力于建立茄科植物信息资源网络和科学家交流平台,面对农业和植物生物学的两个最重要的问题:一,在地球上不同形态特征和生态分布的生物如何拥有相同的基因及其不表达模式;二,如何更深入地了解生物多样性的遗传基础,以便服务于社会对环境友好与可持续发展的需求。作为国际茄科植物计划(SOL)的一部分,番茄基因组测序计划正在由十个国家分工进行。与茄科植物近源的咖啡等也被纳入了SOL计划的研究范围,

茄科植物概述:
茄科包含了超过3000种的植物,如块茎类的马铃薯,果菜类的番茄、茄子、辣椒,用于观赏和制作奢侈品的牵牛、烟草,叶菜类的红茄和大果茄,可作药物的曼陀罗和辣椒等。茄科的经济价值可以排在植物界的第三位,是第一大类蔬菜作物。除了作为食物来源外,一些茄科植物也是模式作物,如番茄和辣椒用于研究果实发育,马铃薯用于研究块茎膨大,牵牛用作类黄酮合成和花色发育研究,番茄和烟草上研究植物抗病的机理等。
茄科植物不同物种间表型上的千差万别和基因组水平上的高度一致形成强烈的反差,使得该科植物可以作为一个极好的模型,用于研究植物在长期的进化过程中,如何发生适应环境的遗传变异。绝大多数茄科植物为二倍体,体细胞拥有12条染色体,预示着该科植物在长期的进化历史中并没有出现大规模的基因组复制和染色体加倍。
番茄基因组测序计划:国际茄科植物计划的基础!

番茄基
因组测序:
番茄基因组(950Mb)中大约3/4(730Mb)是异染色体;占基因组1/4,约220Mb的常染色质多集中分布于染色体的两极,这些常染色体区域包含了超过90%的番茄基因和几乎所有的单拷贝基因,因此,鉴于全基因组测序目前仍旧需要较高的成本,仅对常染色体进行测序就成了一个较好的选择,对于这部分基因组测序所需的工作量不到拟南芥基因组2倍。SOL计划的第一步就是对番茄常染色体区进行测序,由于茄科植物基因组在宏观和微观水平都有着高度的共线性,番茄的测序结果不仅为番茄基因组研究提供便利,还将作为其他茄科植物研究的参照。
番茄基因组测序计划:国际茄科植物计划的基础!

测序所用地番茄生态型为Solanum lycopersicum var Heinz 1706,参照的遗传连锁图谱为F2-2000.目前,计划共有十国参与,负责的测序计划分别为:1,美国Ch1,Ch10,Ch11:;2,韩国:chr2;3中国:chr3;4英国:chr4;5 北爱尔兰:chr6;6法国chr7:;7日本:chr8;8西班牙:chr9;9意大利:chr12;10印度chr5. 阿根廷负责线粒体基因组测序,意大利负责测叶绿体基因组。
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