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从Cytoscape导入KEGG通路图的方法

2014-05-12 15:19阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/1294004943

方法1：
(1) 安装Cytoscape 3.0的CytoKegg插件，点击CytoKegg 中的“Browse Pathways”，在出现的窗口中选择“Homo sapiens”，然后点中需要导入的通路，点击“Select”。导入若干通路后，合并各通路。将合并的通路通过File—Export—Network导出，选择“XGMML files”，导出的文件最终是xml后缀。注意：合并各通路时需要把各通路中的subnetwork删除。
(2) 打开Cytoscape 2.8，按顺序点击菜单栏的File—Import—Network(Multiple File Types)，Data Source Type选择“local”，导入上一步保存的xml文件。加载完毕后将会看到网络图，但图中各节点可能没有label，此时可将此网络保存（保存格式为cys），然后再打开，如果还是没有label，在Cytoscape的VizMapper中设置Node Label 为“ID”，Mapping Type设为Passthrough Mapping。
方法2：
(1) 进入KEGG网站，点进KEGG PATHWAY Database页面，输入对应的通路名称并搜索，根据结果点击符合的通路图进入，Reference Pathway选择Homo Sapiens，此时上方将会有Download KGML项，点击下载此通路的xml文件。
(2) 安装Cytoscape 3.1.0的插件KEGGscape，安装好之后便可通过File—Import—Network—File…加载上一步保存的xml文件。注意：此处的KEGGscape版本为0.5.1，Cytoscape版本为3.1.0，Cytoscape3.0无法使用。

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