三峡蓄水前的瞿塘峡入口
据统计，截止1985年，长江航运仅干线经营的航线就有49条，客运量3492.6万人，比1979年增长73.3%，创有史以来最高纪录。然而，仅仅只过了五年，1990年，长江航运全面疲软，客货运量严重不足，拥有12.58万载客位的长航仅完成客运量2486.3万人次，比1986年的3351.2万人次下滑了25.8%。
而在上世纪九十年代，亚洲金融危机、海湾战争、世界经济疲软、油价飙升，市场形势严峻，长江客运量以每年20%的速度直线下滑，专家认为是将“东方红”系列的“全国一盘棋”换成“江申”“江汉”“江渝”等分公司以后的独立核算又共同经营所导致的内耗，还有水上客运充分放开后的无序竞争。各公司拼命抢客源、争市场，重复航班、亏本发船，造成不好的影响，也流失了客源。
以湖北省为例，在“告别三峡游”的误导下，1997年三峡旅游火爆，接待海外旅游者人数比上年增长57％，但随即出现了长达四年的低迷。同样，又在“三峡绝版游”被极力渲染的情况下，2002年三峡入境市场空前火爆，全年接待海外旅游者102万人次，实现旅游创汇2.8亿美元，分别比上年增长53％和41％。但这样饮鸩止渴之的一年，全年的游客还不到上年的20%，而且再也没有过三峡游的热潮。
其实这些理由和原因没有考虑到现代交通沿江铁路的相继建造和巨大公路网（尤其是高速公路）的飞跃增长。比如武汉到宜昌的铁路开通，就导致汉（口）宜（昌）航线从1984年开始出现亏损，而随着宜（昌）黄（石）高速的开通，导致这条水运航线在1992年亏损扩大到342万元，不得不撤线停船。
1997年就将长航客运又整合成长航武汉客运公司，但仍