E-TTL的缺点之一是预闪会使眨眼较快的人拍出眯眼的照片，EOS名单中的Julian Loke将之称为BEETTL综合症，即‘blinking eye E-TTL’。预闪发生在主闪光之前非常短暂的时刻，但是如果使用后帘同步和低速快门，就有足够的时间让眨眼快的人对预闪作出反应。这对于拍摄鸟类的自然摄影师来说同样是个问题。
另一个问题是使用预闪会触发影室从属闪光灯，这些闪光灯检测触发相机发出的光，类似于光同步器。由于同步器过早触发，而导致闪光曝光错误。预闪还会愚弄手持式闪光测光表，使得手动闪光测光变得十分困难。
总而言之，E-TTL是一个非常自动化的系统，但没有向用户提供完整的文档资料。比如，如前所述，佳能公司从来没有公布自动填充闪光算法的详细资料，要领会该系统的响应规律就需要做一些实验。此外，用户可选择的工作模式也较少，比如，多数闪光灯不允许你自行选择TTL、A-TTL或E-TTL闪光测光模式（见下一节）。E-TTL对许多数码相机用户来说也有一些问题（见下面TTL和E-TTL 与数码EOS相机一节）。
最后，并非所有的A类相机和E-TTL闪光灯都支持所有的E-TTL特性。某些无线E-TTL及其它一些如造型光等功能需要新型的A类相机，如EOS 3或EOS 30，以及新型的闪光灯，如550EX或420EX。本文第三部分描述了各种相机与闪光灯的组合所能实现的功能。
FP（焦平面或高速同步）闪光模式
使闪光与快门的两片帘幕同步在使用一次性闪光泡的时代就存在着与现在使用电子闪光灯同样多的问题。为此，人们开发出适合焦平面快门的闪光泡，这种闪光泡能快速发光并且在快门开启的时间里持续发光，它们被称为FP灯泡。
佳能公司随E-TTL引入了电子FP闪光模式，它在特定的情形下巧妙地突破了X-同步的限制，这也是奥林巴斯公司开创的另一项闪光技术。FP闪光可以让你在任何喜欢的快门速度下拍摄闪光照片，这是通过以极高的频率（50KHz）激发闪光泡，以降低总输出功率为代价来模拟连续光。FP代表‘焦平面’，用以类比旧式的FP灯泡，尽管Mark Overton在他的FAQ中将之称为‘fast pulse’（快速脉冲－译者注）似乎更加贴切。
该模式在户外大光圈的填充闪光情形下很有用，通常情况下，除非收缩镜头光圈或使用低速胶片，否则