农村资金互助社作为新型的农户合作金融组织，在制度设计过程中，总结了国际经验和传统合作制的经验和教训，与传统农村合作金融机构如农村信用合作社、农村合作基金会相比，有以下区别：
（一）产权模式
从国际经验和我国农村信用社（包括农村合作基金会）的实践来看，传统合作制度在产权模式上存在着一定的弊端。主要问题是产权不明晰，难以有效分割和界定社员个人的产权。如农村信用社多年的积累就没有划分，而农村合作基金会的产权则非常混乱，名义上“人人所有”，实际上“人人都无”，大多数被乡镇政府及其部门实际控制。在管理上“一人一票”的制度未得到执行，连“三会”治理结构都是虚置的。
在股权设置上，社员积累量化到个人，连同股金共同作为社员的个人权益，并以其为限对农村资金互助社承担责任。在投票权上，除基本投票权外增加了附加投票权。为保证股金稳定，设置了四项限制，即社员提出退股申请，农村资金互助社当年盈利，退股后农村资金互助社资本充足率不低于8%；在本社没有逾期未偿还的贷款本息四个条件方可退股，确保股金的稳定和资本充足。
（二）经营管理
在经营管理上，农村信用社和农村合作基金会由于实际控制人为政府，在经营管理上主要体现为上级控制下级或者一人独大，农村资金互助社实行民主管理。如在基金会的实际运作中，大多数地方在推行大包干以后没有再深化农村改革，没有进行产权相对清晰的“社区股份合作制”改制。因