该实验的结论现在我们都已经知道了，那么赫尔希、蔡斯当初设计这个实验的背景是什么呢？如果当时他们已知噬菌体侵染细菌时，蛋白质不进入而只有DNA进入，对于得出“DNA是T2噬菌体的遗传物质”这一结论来说，显然是没有必要的。而如果他们事先不知道噬菌体的这一侵染特点，他们又为什么要设计这样一个实验呢？
还有，如果说，艾弗里实验中0.02%的蛋白质让其实验结论饱受质疑，那么赫尔希、蔡斯实验中不同标记下的本不该有放射性的沉淀物和上清液中也出现了少量放射性，为什么质疑艾弗里结论的人却不质疑赫尔希、蔡斯实验结论呢？而用搅拌不充分或是保温时间不合适来解释呢？
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