1、把五彩线搓在一起，一边念药叉大将的名号，一边就打一个结，打12个活结，绳子长度是七的倍数，然后结十二神将用印，先念十二药叉大将一遍，再结印念一遍，然后今年值班的药叉大将念十二遍。
2、拿一张纸把自己的名字和心愿写出来，卷成一个纸筒子，如果求增益、事业、生意等用金黄色的纸；如果是夫妻关系不好，希望得到人家尊重，用红纸；如果消灾免难用白纸。
3、用五彩绳子把纸筒缠起来，放在药师佛面前，如果家里经常有人去用黄色的经帕子把这个结盖住，满了愿就开一个结。
在药师法门里，「十二药叉大将」提供一个迅速又具神效的方法，一个快速解脱病难的特殊方法－「五色丝结」（药师结）。 (一)
任何身、心上的「疾病」或「逢灾厄缠身」，将此结「随身佩戴」，短时间内即可免除疾厄祸难。待疾厄除去後，再将五色丝结散结。 (二)
五色丝结（药师结）结法如下： 1、准备一条五色丝线。 2、於寺庙或家中佛堂佛菩萨之前结药师结。
3、告诉佛菩萨结药师结的「用途」、「给何人」，请佛菩萨加持於药师结。
【打结说辞】：弟子○○○（自己的名字）现在要在佛前结药师结给○○○（自己或别人的名字），祈愿所结药师结能够帮助○○○（自己或别人名字）消除○○病症，快速恢复健康。或消除○○祸难，平安顺利。
4、打结之前先念诵一遍药师经。（每天念诵回向更好）
5、结十二个蝴蝶结或金刚结或一般的结，边结边念「南无药师琉璃光如来」圣号，在每一个结要绑紧时，持「十二药叉大将」名字，最後再加上菩萨摩诃萨。
十二药叉大将 南无宫毘罗 伐折罗 迷企罗 安底罗 额你罗 珊底罗 因达罗 波夷罗 摩虎罗 真达罗 招杜罗 毘羯罗 菩萨摩诃萨
**以恭敬心佩戴药师结，十二药叉大将及其眷属随身卫护，令疾病厄难迅速脱离，心想事成。
6、病患痊愈、厄难解除後，务必将药师结於「原结处」散结。感谢佛菩萨及十二药叉、眷属去其病难。
【散结说辞】：弟子○○○（自己的名字）现在要在佛前散去○○○（自己或别人的名字）所戴的药师结，感谢此药师结的帮助也感谢佛菩萨、十二药叉大将及眷属的帮助，让○○○（
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自己或别人名字）○○病症消除，恢复健康。或○○祸难消除，平安顺利。 结打十二药叉许愿结：
1、用硬纸片打印上十二药叉名字，最好用蓝色硬纸。打印或写十二药叉大将名字时，一定要从右边竖写开始，像经文一样，从右到左，从上到下，纸可大可小，最好过塑一下。在这张写有十二药叉大将卡四周均匀地打十二个洞，可用打卡机打，不要打到药叉名字上。
2、准备好五色线，可到佛具店买，没有现成五色线，那就买红黄蓝黑白五种线搓起来一根。五色线长大概要许愿卡周长两倍半，以七为一个基本单位。
3、诵四部《药师经》，在十二药叉许愿卡上打一个五色线结。第一个要对准宫毗罗大将上方洞打一个结。第一次五色线一头必须留长一点，让能念完四十九部经时可与另一头五色线打结连贯起来
4、每诵四部经打一个结，顺时针打结。十二药叉打十二个结。最后一部即第四十九部结束后把五色线两头连起来打蝴蝶结或活结，到愿望达到时可顺利解开。
5、四部药师经诵完，拜药师佛三拜，再拿起许愿结奉到眉中间，念十二药叉大将名一遍，接着一边打结一边要念打到该药叉结的药叉大将的名字，念时都必须在药叉大将前加“那摩”两字。
6、打好结再放回供桌前，合掌讲明此次修法要许的某某愿，祈请十二药叉护持能圆满成功，此愿成功后怎么感恩三宝，如印经、放生、持斋戒、诵经持咒、布施供养，或修几期药师专修法会回向。若满愿后，在佛前所许愿一定要还愿。
7、修法结束，可把十二药叉许愿结卡放到红包或用纸包起来，再把所求之事写在纸上与卡结放在一起，放在佛堂或别人摸不到的干净的地方。所求之事成功后，一定要打开药叉结。