云门寺这片清净佛教胜地，还是士子们励志攻读学习的选择之处，东晋大书法家王献之、宋代伟大的爱国诗人陆游年少时都曾经在这里刻苦学习，并留下了当年学习的“云门草堂”遗址。此外还有在中国文化史上有着几个历来传诵不绝的故事，如：智永和尚苦练书法最终成名的“退笔冢”与“铁门槛”的故事就在此。
唐太宗因追慕王羲之的书法杰作，特派监察御史萧翼用计从辩才和尚谋骗取珍藏在云门寺被称为 “天下第一行书”的《兰亭集序》真迹的故事也在此发生。得知云门是缘于《兰亭序》，王羲之在山阴兰亭写就《兰亭序》为世人知晓，却少有人知道会稽云门乃《兰亭序》失却之所。唐代演义故事中有《云门失兰亭序记》一章。故事所云：智永和尚为王羲之七世孙，（王羲之五子）王徽之后裔。少年与兄孝宾（慧欣）一道在秦望山嘉祥寺舍俗入道。精通般若法华诸经，好禅寂，罕接俗物，以善书名。智永居永欣寺（隋炀帝重智永、智欣，赐名永欣寺，即云门寺。）阁上临书先袒遣贴三十余年，所退笔头，置之大竹簏，簏有一石之大，而五簏皆满，取而 之，号“退笔冢”。人来求书及请题者如市，所居门限，为之穿穴，乃用铁叶裹之，谓之“铁门限”。弟子中著名书法者有智果、释述、释特、辨才、虞世南等。
唐太宗因追慕王羲之的书法杰作，特派监察御史萧翼用计从辩才和尚谋骗取珍藏在云门寺被称为 “天下第一行书”的《兰亭集序》真迹的故事也在此发生。得知云门是缘于《兰亭序》，王羲之在山阴兰亭写就《兰亭序》为世人知晓，却少有人知道会稽云门乃《兰亭序》失却之所。唐代演义故事中有《云门失兰亭序记》一章。故事所云：智永和尚为王羲之七世孙，（王羲之五子）王徽之后裔。少年与兄孝宾（慧欣）一道在秦望山嘉祥寺舍俗入道。精通般若法华诸经，好禅寂，罕接俗物，以善书名。智永居永欣寺（隋炀帝重智永、智欣，赐名永欣寺，即云门寺。）阁上临书先袒遣贴三十余年，所退笔头，置之大竹簏，簏有一石之大，而五簏皆满，取而 之，号“退笔冢”。人来求书及请题者如市，所居门限，为之穿穴，乃用铁叶裹之，谓之“铁门限”。弟子中著名书法者有智果、释述、释特、辨才、虞世南等。