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苏巴什佛寺遗址是新疆地区迄今发现的最大的佛寺遗址。整个遗址分布在库车河东西两岸的台地上，分为河东和河西遗址两个区域，总面积约18万平方米。遗址内有佛塔、庙宇、殿堂、洞窟、僧房等建筑，保存较为完整。
河西遗址：又称西寺，遗址呈南北向分布，南北长685米，东西宽170米。上有3座佛塔，由土坯垒砌而成。北面的塔东临河床，通高约13米；塔基和塔身均为方形，塔基边长27米，塔身分3层，向上递缩，最上层边长5米，南北两侧凿禅窟。南面的塔高11.1米，土坯垒砌，塔身呈方形，基宽16米。中部的佛塔高约13.2米，平面呈长方形。基部边长约35米，宽24米。塔基南面筑一斜坡踏道，残长12米，宽3米。塔身内为殿堂，前面已塌毁，有行道通向主殿，行道口筑出圆拱形门楣，主殿后壁绘有大型立佛像，具有回鹘风格。河西遗址南端的建筑是一座佛寺，以中央的大殿和东面佛塔为中心，周围修筑佛殿和僧房。
河东遗址：南北长约535米，东西宽146米。现也存3座佛塔，均以土坯垒砌而成。北塔的地势高，残高8.6米；中部佛塔高9.2米；南部塔高9.4米。河东遗址的南端有一排建筑遗存，其中一座佛塔保存较清晰，方形基座，圆柱体塔身，覆钵式顶。这座塔与犍陀罗地区塔的形制相似，塔身外残存一排柱洞，表明原来这里固定着塑像。
苏巴什佛寺是早期龟兹的佛教中心。遗址内的佛殿和石窟中原先保存有精美的壁画和塑像，制作工艺高超，“佛像装饰，殆越人工”。其艺术风格具有典型的龟兹特色；西寺佛塔后侧，出土一具完整的人骨架，头颅扁平，与《大唐西域记》载龟兹人生子以木押头的习俗完全吻合。佛寺遗址和出土的珍贵文物，为研究龟兹历史、民族和文化等提供了实物见证。是研究龟兹佛教及其艺术的珍贵资料。
苏巴什昭怙厘佛寺遗址，也称耶利巴哥拉塞遗址。
据说，1890年，英国中尉鲍尔受喀什噶尔领事的派遣前往库车，捉拿杀害英国探险家达格利什的凶手。
一天，一个一身黑衣的维吾尔族中年人求见，目光游移不定，掩上门并关上窗户，掏出一本写在桦树皮上的古书，鲍尔接过古书，书页上密密麻麻的写着他一个也不认识的古代文字。中年人称这本书是他在一座约有80米高的土堆下，挖了很多天的得到的。鲍尔按捺住激动，那座高大的土堆无疑是古代建筑遗址，他愿意出两头毛驴的价钱交换古书。但是中年人提出到这个地方去看看，为了避免被当地人发现，他们决定晚上去。
他们去的地方是一座废弃的古城——也就是苏巴什古城。
这本古书最后以两套毛驴车和可以另买10头毛驴的价钱成交。鲍尔得到它后立即离开了中国，到了印度并找到了那里讲学的东方学者——英国人赫恩雷，后者只看了一页就跳起来，宣称“这是一部无价的书”。
这是一本用婆罗米文字（古代印度梵语的一种）抄写的关于巫术和医术的书，年代至少在公元5世纪左右。
但是鲍尔不知道，在他去的那个夜晚另一件珍宝就在他的面前。
在苏巴什故城中存有一块巨大的玉石，上面有佛祖的足印，在烛火中会通体透明，玄奘曾经目睹并在《大唐西域记》中记载了它。鲍尔之后另一位俄国寻宝者挖到了它，并极为愚蠢的块企图运走，但是被当地人保护了下来。