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岳殿各一座。三清殿始建于唐贞观二年（公元628年），以后历代曾经过多次修葺。大殿为重檐歇山顶式建筑，面阔7间，进深6间，结构严谨简朴。殿内有木石接续的大柱20根，每根直径约54厘米，柱头微具卷杀，柱础呈莲花覆盆形。斗拱硕大，斗底呈皿板形，高1.5厘米。斗拱和椽檩之间有彩绘的道教图案，整座殿堂保存有浓郁的宋代建筑风格。
元妙观山门
《莆阳比事》载：“元佑间雷击殿，鸱吻堕，内得黑木板，文曰：‘后八十年狄觉奴来守此邦重易殿屋。’主者以闻，郡守狄明远视之叹曰：‘吾小字也，以年计之，吾犹未生，何其验耶?’遂捐俸新之。”有史可查的还有明永乐五年(1408)重修三清殿；明嘉靖三十五年(1556)道士方汝调、李志升重修玉皇殿；倭寇陷城后的明嘉靖四十三年(1564)兴化府知府易道谈重建山门；明万历九年(1581)玉皇殿坏，次年乡贤林兆恩命人劝募重建，并重修了三清殿、东岳殿、文昌殿和福神殿；以后道士单茂乔又募建文昌宫、五显庙。明崇祯十三年(1640)又一次修了三清殿，清嘉庆二年(1797)翁廷璋重修东岳殿(包括中殿、拜亭、两庑和山门)；清咸丰年间(1851～1861)又一次重修福神殿；清光绪年间(1875—1908)兴化府同知杨万清又一次大修了三清殿；民国后除了重建九御殿外，元妙观其他建筑先后遭受破坏；1956年10月，文化部拨款重修三清殿；近年国家文物局再次拨款大修三清殿及其附属建筑物。
元妙观三清殿 是传统的中国木结构建筑
明弘治《兴化府志·外纪》载：天庆观于宋天禧元年(1017)，朝廷赐给金宝牌、芝草山及《封禅记》《祀汾阴记》《仪范》等书，这是在大中祥符二年(1009)敕名天庆观之后的第八年的事，这些当然是宋真宗伪造天书下降、泰山封禅、西祀汾阴等妄道之举的产物，但也从一个侧面说明了当时莆田天庆观在全国道观中的重要地位。解放前观内还保存有龙泉窑青瓷大花瓶，肩部釉下有天庆观三字。
三清殿的右边是莆阳书院
三清殿梁架纵横、柱网罗列，显示出变化中统一和谐的美；斗拱出跳，下昂调节，又显示等差有度的节奏感；同时深度出跳的舒展下昂和一朵朵绽放朝上的各式斗，互为呼应，俯仰有致，其形象艺术美使人既感到亲切又觉得幽秘。整座建筑沉浸在“大音稀声”的艺术氛围中。置身其中，又仿佛置身于立体图案的建筑文化空间。且那双面对称刻莲芯、云纹的云形驼峰，绘道教“八宝”图案的椽檩和斗栱构件，都是精美的艺术品。
昔日三清殿中5米多高的元始天尊手拈宝珠、灵宝天尊持太极图，太上老君持扇等雕塑神像已不复存在，三清殿后檐下5间的墙面和两廊各7间的墙面上的珍贵壁画也随历史消逝。幸运的是三清殿碑园中还保存有神霄玉清万寿宫碑、皇帝御札碑、祥应庙记碑等碑刻文物，弥足珍贵，堪称国宝。
三清殿的左边是莆田琪院
神霄玉清万寿宫碑是见于金石著录的海内现存的稀有碑刻。宋宣和元年(1119)八月，此碑碑文颁布天下后，有的地方还未来得及勒石立碑，金兵就巳南下，第二年诏罢道学，有的虽已勒石立碑，却毁于战火。莆田是宰相蔡京家乡的兴化军首邑，当时神霄玉清万寿宫碑第一块立于汴京时，蔡京令同时摹刻一块，由海道运回家乡。又因莆田地处偏僻的东南海隅，金兵铁蹄未至，故该碑也就得以保存至今。此碑通高336厘米，宽125厘米，圆形碑首。碑额有正书“御笔手诏”四大字，是蔡京第三子蔡绦奉旨题写的。碑额两边外侧满镌双龙，内侧是“回”字形地纹镌“S”形缠草花纹，碑正面两侧及下侧满镌“回”字形地纹与16条蟠龙。下侧边缘与底座接界插榫处刻有“取日”二字，不知为何意?碑文共16行，行40字，正文完整无损，共374字，是宋徽宗赵佶手迹“瘦金体”书法，姿媚中不失波磔神韵。碑的题额、督工、校验、刻工等官员的职衔姓名都分栏刻在镶边花纹之间。当过兴化府通判的萧重曾拓有神霄玉清万寿宫碑，垂爱“拓片”之余赋诗赞曰：“宣和天子真天才，纵横笔阵风云开……睇观别是一家书。”
棋院与三清殿相通，未上班时，前门关闭，从后门入内，院内寂静无人
莆田琪院的雕塑
宋代名“天庆观”，元代更名“玄妙观”，清代因避康熙皇帝玄烨讳，改称“元妙观”
三清殿后院里藏有很多宝贝，多是被时代遗弃的古物
《莆阳比事》载：“元佑间雷击殿，鸱吻堕，内得黑木板，文曰：‘后八十年狄觉奴来守此邦重易殿屋。’主者以闻，郡守狄明远视之叹曰：‘吾小字也，以年计之，吾犹未生，何其验耶?’遂捐俸新之。”有史可查的还有明永乐五年(1408)重修三清殿；明嘉靖三十五年(1556)道士方汝调、李志升重修玉皇殿；倭寇陷城后的明嘉靖四十三年(1564)兴化府知府易道谈重建山门；明万历九年(1581)玉皇殿坏，次年乡贤林兆恩命人劝募重建，并重修了三清殿、东岳殿、文昌殿和福神殿；以后道士单茂乔又募建文昌宫、五显庙。明崇祯十三年(1640)又一次修了三清殿，清嘉庆二年(1797)翁廷璋重修东岳殿(包括中殿、拜亭、两庑和山门)；清咸丰年间(1851～1861)又一次重修福神殿；清光绪年间(1875—1908)兴化府同知杨万清又一次大修了三清殿；民国后除了重建九御殿外，元妙观其他建筑先后遭受破坏；1956年10月，文化部拨款重修三清殿；近年国家文物局再次拨款大修三清殿及其附属建筑物。
明弘治《兴化府志·外纪》载：天庆观于宋天禧元年(1017)，朝廷赐给金宝牌、芝草山及《封禅记》《祀汾阴记》《仪范》等书，这是在大中祥符二年(1009)敕名天庆观之后的第八年的事，这些当然是宋真宗伪造天书下降、泰山封禅、西祀汾阴等妄道之举的产物，但也从一个侧面说明了当时莆田天庆观在全国道观中的重要地位。解放前观内还保存有龙泉窑青瓷大花瓶，肩部釉下有天庆观三字。
三清殿梁架纵横、柱网罗列，显示出变化中统一和谐的美；斗拱出跳，下昂调节，又显示等差有度的节奏感；同时深度出跳的舒展下昂和一朵朵绽放朝上的各式斗，互为呼应，俯仰有致，其形象艺术美使人既感到亲切又觉得幽秘。整座建筑沉浸在“大音稀声”的艺术氛围中。置身其中，又仿佛置身于立体图案的建筑文化空间。且那双面对称刻莲芯、云纹的云形驼峰，绘道教“八宝”图案的椽檩和斗栱构件，都是精美的艺术品。
昔日三清殿中5米多高的元始天尊手拈宝珠、灵宝天尊持太极图，太上老君持扇等雕塑神像已不复存在，三清殿后檐下5间的墙面和两廊各7间的墙面上的珍贵壁画也随历史消逝。幸运的是三清殿碑园中还保存有神霄玉清万寿宫碑、皇帝御札碑、祥应庙记碑等碑刻文物，弥足珍贵，堪称国宝。
神霄玉清万寿宫碑是见于金石著录的海内现存的稀有碑刻。宋宣和元年(1119)八月，此碑碑文颁布天下后，有的地方还未来得及勒石立碑，金兵就巳南下，第二年诏罢道学，有的虽已勒石立碑，却毁于战火。莆田是宰相蔡京家乡的兴化军首邑，当时神霄玉清万寿宫碑第一块立于汴京时，蔡京令同时摹刻一块，由海道运回家乡。又因莆田地处偏僻的东南海隅，金兵铁蹄未至，故该碑也就得以保存至今。此碑通高336厘米，宽125厘米，圆形碑首。碑额有正书“御笔手诏”四大字，是蔡京第三子蔡绦奉旨题写的。碑额两边外侧满镌双龙，内侧是“回”字形地纹镌“S”形缠草花纹，碑正面两侧及下侧满镌“回”字形地纹与16条蟠龙。下侧边缘与底座接界插榫处刻有“取日”二字，不知为何意?碑文共16行，行40字，正文完整无损，共374字，是宋徽宗赵佶手迹“瘦金体”书法，姿媚中不失波磔神韵。碑的题额、督工、校验、刻工等官员的职衔姓名都分栏刻在镶边花纹之间。当过兴化府通判的萧重曾拓有神霄玉清万寿宫碑，垂爱“拓片”之余赋诗赞曰：“宣和天子真天才，纵横笔阵风云开……睇观别是一家书。”