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古沁独贡（殿），是五当召内最大的建筑物，位于寺院最前部，高三层，占地面积1500平方米，一楼前大厅是经堂，有八十根方柱上部雕刻和彩绘着各式花纹图案，外裹云龙图案的栽绒地毯。地上排列着数十排坐榻，上铺藏式地毯。四壁满绘释迦牟尼佛传故事和各种护法神像。顶部挂着各色幡幔，殿内庄严肃穆、富丽堂皇。全殿可容纳千余喇嘛在这里诵经。凡属全召性的集会都在此举行。每天的早经——满迦经，各殿喇嘛都来此诵读，经堂内正面的座椅是活佛出经的席位，左右是高层喇嘛的座位。下边地毯木榻是喇嘛诵经的座席。后厅为藏经阁，供奉着各种佛像、唐卡、曼陀罗坛城，二楼回廊处绘有“九大佛寺建筑”鸟瞰壁画极为珍贵。
却依拉殿位于苏古沁殿西侧，始建于道光十五年（1835年），此殿为专门研究佛教哲学学部，是本召僧人最多的学部。殿内供奉着五当召最大的铜制弥勒佛，高达十米，为黄铜分铸焊接制成。弥勒头戴五叶宝冠，装饰华丽，端坐于须弥宝座上，手作说法印。木雕、彩绘的背光雕刻着卷草、火焰纹饰、颇为精美。形象端庄严肃，造型敦厚慈祥，弥勒佛是藏传佛教未来佛，藏语称“强巴”、蒙古语称“麦达里”。前边供奉着八大药王佛、宗喀巴等铜像。
洞阔尔独贡是五当召最早的殿堂，建于乾隆十四年（1749年），前经堂后佛殿高三层。黄色的外墙标志着其显贵地位。高居于全寺之中，其他建筑均以此殿为中心，乾隆皇帝于1756年赐名“广觉寺”，用满、汉、蒙、藏四种文字雕刻的牌匾悬挂在殿门正中门楣上。这里是学习佛教时轮数学部，讲授天文、历法、数学、占卜、推算藏历日期。殿内前后厅绘满壁画、装饰考究，殿前广场系讲经、辩经的场所，即学术升级的考场。
当圪希德殿建于乾隆十五年（1750年），俗称“训服殿”，是五当召的护法神殿，也称金刚殿。是座两层殿堂，紧靠洞阔尔殿建造。据说此殿是鄂尔多斯部准格尔台吉之妻资助建造的。殿内供奉着大威德金刚、怖畏金刚、胜乐金刚、吉祥天母等九尊彩塑护法神，面目狰狞可畏、多头多臂、手拿各种法器，颈挂人头项链脚踩妖魔，威武彪悍。
喇弥仁殿（菩提道学经堂），又称日木伦殿。建于光绪十八年(1892年),位于护法殿后边西北高耸的山坡上，为教义戒律学部，这个学部在内蒙地区藏传佛教寺院中只有五当召设立。是召庙建筑群中建造年代最晚的建筑物。殿内正中供奉铜铸高九米的黄教创始人宗喀巴坐像。左右两侧塑其两大弟子嘉曹杰和克珠杰塑像。两侧木龛内有一千尊一模而成的宗喀巴塑像。二楼凸起的天窗既可容纳高大的塑像,又可采纳光线,显示了独具匠心的藏传佛教寺庙建筑特点。
金科（曼陀罗）殿原名努尼殿，是供僧人静坐休持的殿，用于喇嘛们以逐渐减少饮食，静坐默诵，力图不食不语的修行方式去解脱超度众生灵。后来毁于文革动乱。2003年国家拨款在遗址上恢复并扩建此殿，2005年9月开始对外开放，全殿上下两层，一楼为佛堂，供有千手千眼观音像、六世班禅大师、宗喀巴大师像，正中供奉的三世佛为铜铸镀金佛像。墙上所绘壁画是藏传佛教九大佛寺壁画。
此殿二楼是文物博物馆，展出本召所保存的部分珍贵文物。有唐卡、清代景德镇瓷器、活佛的生活用品、法器、内蒙古仅存的两座鎏金曼陀罗坛城，都具有很高的历史文物价值。
苏卜盖陵是五当召一世活佛建庙之前的住宅，“苏卜盖”即蒙语“塔”之意，是一个小佛堂，内部供奉有历世活佛灵塔，即舍利塔。因一世活佛创建了本召，去世后僧众为了纪念他就将他的舍利塔存放在此处。此后，本召七世活佛灵塔均在这里珍藏。灵塔雕刻精美镶有珍宝玉器，外部鎏金。
阿会殿是一座学习医学和密宗学部的经殿，建于嘉庆5年（1800年）。据说是乌拉特东公旗协理热西鹏苏格出资建造的，东南靠活佛府。殿底层正中斑斓的山洞供奉释迦牟尼和他的两个弟子，其两侧是十八罗汉和四大天王，塑像神情各异，气宇非凡，泥塑山洞险峻逼真。门两侧绘有护法神像。二楼主要供奉本学部主供佛胜乐金刚、药王佛。