凤凰寺整体布局都依照伊斯兰教义所建，主要建筑物向着麦加，布置在东西向的中轴上，大殿的建筑风格带有江南独特的秀气与质朴，是凤凰寺中最古老的建筑。整寺建筑群庄严古朴、气势宏伟，形态奇异。望月楼为凤头，礼拜大殿为凤体，南北两侧建筑为凤翼，后花园为凤尾，因而得名凤凰寺。
凤凰寺大殿殿内存有以阿拉伯文书写碑刻的阿老丁墓碑，后壁下部三间内各有伊斯兰艺术的珍品，包括青砂石制“经香台”、竹节望柱、束腰的刻花草及藏有木制“经函”等等特色工艺品，殿顶上建有三座宋代八角形的遗物攒尖顶，其中一座上头刻有“可兰经”文，相传是明景泰二年留下的文物，凤凰寺内的石刻经台和柱础石也经文物部门鉴定为宋代遗物，具有深厚的历史价值。寺内还珍藏着不少文物和艺术品，主要有木制的“经函”和一些碑刻。
凤凰寺大殿殿内存有以阿拉伯文书写碑刻的阿老丁墓碑，后壁下部三间内各有伊斯兰艺术的珍品，包括青砂石制“经香台”、竹节望柱、束腰的刻花草及藏有木制“经函”等等特色工艺品，殿顶上建有三座宋代八角形的遗物攒尖顶，其中一座上头刻有“可兰经”文，相传是明景泰二年留下的文物，凤凰寺内的石刻经台和柱础石也经文物部门鉴定为宋代遗物，具有深厚的历史价值。寺内还珍藏着不少文物和艺术品，主要有木制的“经函”和一些碑刻。