到了万历十二年(1584),汤显祖被任命为南京太常寺博士,掌管天妃宫,为龙江天妃宫办了一件大事,增置了祭田。他将宫中收藏的朝廷封赏、大臣及善男信女们捐赠给天妃妈祖的金银首饰变换纹银,增置田二顷二十亩(220亩),至此天妃宫的田产增至三百二十亩。
至清嘉庆年间,南京天妃宫又呈颓败状,清廷上元县筹款重修。嘉庆年间南京天妃宫的模样依旧不减明朝当初气概,仍旧是“金碧楼台气象雄”。
龙江天妃宫最初被毁于清咸丰三年(1853)太平军攻打南京之时。龙江天妃宫是众多遭毁寺庙中最早被毁的庙宇。
同治四年(1865)即太平天国灭亡后的第二年,下关复建了救生局。大约在这一时期,妈祖信徒们通过募捐重建了天妃宫,用于祭祀天妃,祈求妈祖保佑平安。光绪三十四年,夏淫雨,六月又酷
